Даунсэмплинга изображения fMRI с FSL

У меня есть набор изображений fMRI. Одна группа имеет размерность 90 х 60 х 12 х 350 с размером воксела 1 х 1 х 1 мм (350 томов). Другая группа имеет размерность 80 х 35 х 12 х 350 с размером воксела 0,2 х 0,2 х 0,5 мм. Я использую одно из изображений в качестве эталонного изображения для регистрации. Из-за разницы в разрешении регистрация терпит неудачу (с флиртом). Поэтому я должен сначала уменьшить или увеличить. Я попробовал следующий подход:Даунсэмплинга изображения fMRI с FSL

кокетка -в input_image \ -REF good_size_image \ -out output_image \ -applyxfm \ -init /usr/share/fsl/5.0/etc/flirtsch/ident.mat

Это не работает, не для понижающей дискретизации, а не для повышения частоты дискретизации.

Как правильно отрегулировать понижающую дискретизацию/повышающую дискретизацию?

источник

2015-05-26 machinery

для триггеров линейной интерполяции начального уровня см. Эту [обратную интерполяцию многомерных сеток] (http://stackoverflow.com/a/25658628/2521214), это может помочь немного (изображение имеет три линейную фильтрацию), но Я предлагаю вам использовать трилинейную интерполяцию google (Wiki) – Spektre

, когда вы говорите «это не работает», означает ли это, что ваши изображения с понижением/повышением частоты дискретизации не выглядят правильно или что регистрация изображений с понижением/повышением частоты дискретизации сработала? возможно, некоторые примеры результатов помогут. –

Вы пытались выполнить команду fslmaths -subsamp2?

источник

2015-09-18 13:29:08 Cotrariello

Я поддерживал, потому что это часто используемый подход, и OP должен знать об этом, однако 'fslmaths -subsamp2' вызывает довольно плохое сглаживание. 'flirt ... -applyisoxfm 2' дает значительно лучшие результаты. – TheChymera

'-subsamp2' определенно проще (и может использоваться в последовательности команд одного вызова' fslmaths'), но обычно не учитывает геометрию. Одно место, где это имеет значение, сводится к уменьшению пространственного изображения MNI на 2 мм (размер 91x109x91). Стандартные 4 мм изображения MNI имеют размер 45x54x45, но '-subsamp2' даст вам 46x55x46. –

Если я правильно понял, у вас есть изображения, пространственная протяженность которых (a) 9 x 6 x 1.2 см^3 и (b) 1,6 x 0,7 x 0,6 см^3? Они довольно маленькие и совсем другие. Я могу представить, что если изображение 2 охватывает очень конкретную субрегион изображения 1 (потому что оно намного меньше), вам может понадобиться дать хорошую начальную оценку, чтобы получить правильный результат.

если input_image имеет размеры (b) и good_size_image имеет размеры (a) затем

flirt -in input_image 
     -ref good_size_image 
     -out output_image 
     -applyxfm

вызова (init вариант не является строго необходимым в данном случае),

ваш выход будет показ изображения гораздо меньшее пространство в гораздо больших вокселях. Я предполагаю, что выходное изображение будет иметь размер эталонного изображения (то есть идея эталонного изображения), но большинство из них было бы пустым. Переключение (a) и (b) не имеет смысла, поскольку пространство эталонного изображения может покрывать только крошечную часть ввода. Сначала вам нужно зарегистрироваться.

Возможно, вам захочется поэкспериментировать с опцией applyisoxfm, которая преобразует изображение в кубические вокселы заданного размера.

flirt -in small_image -ref small_image -out small_1mm -applyisoxfm 1

будет перепрограммировать изображение, которое покрывает пространство (b) до 1x1x1 мм^3. Опять же, это, вероятно, грубая резолюция для столь маленького пространства. возможно, перепрограммировать оба изображения на 0,5 мм изотропным, а затем зарегистрироваться?

Для этих проблем FSL mailing list является намного лучше, чем место, чтобы найти справку.

источник

2016-03-29 13:03:00

+1 для '-applyisoxfm', который правильно обрабатывает начало координат (' -applyxfm -init $ FSLDIR/etc/flirtsch/ident.mat' + 'fslcreatehd' не создает и создает изображения с более высоким разрешением, но с неправильным происхождением) –

Даунсэмплинга изображения fMRI с FSL

ответ

Смежные вопросы