Resampling fmri images using R

Я хотел бы переделать изображение fmri (nii or.img) с размерами 53x63x46 на новое изображение с 256x256x256.Resampling fmri images using R

На самом деле, мне просто нужен новый трехмерный массив (матрица).

В R будет:

NEWIMAGE [1:256,1:256,1:256]

Если это не возможно, вы знаете, как SPM (MATLAB) делает это? Если возможно, код.

Источник графических файлов, пример:

IMG Dimension (53x63x46): https://www.dropbox.com/s/25oa0wr7prbcbl7/fica_3.img?dl=0

HDR: https://www.dropbox.com/s/4quyx60wraiw2o4/fica_3.hdr?dl=0

Результат использования SPM:

Новый IMG Dimension (256x256x256): https://www.dropbox.com/s/y4ut9ttrj964q8c/ica3.nii?dl=0

Спасибо!

источник

2015-10-07 DemetriusRPaula

Возможно, вы хотели бы предоставить один или два изображения ... –

https://www.dropbox.com/s/25oa0wr7prbcbl7/fica_3.img?dl=0 сообщите мне, если вам нужен файл .hdr как Что ж. Спасибо – DemetriusRPaula

https://www.dropbox.com/s/4quyx60wraiw2o4/fica_3.hdr?dl=0 файл hdr – DemetriusRPaula

Я не мог найти способ сделать это с помощью R конкретно, но я представлю два способа сделать это:

1 - Использование Fresurfer:

#!/bin/bash 
export FREESURFER_HOME=~/Neuro/freesurfer # your folder... 
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh 

mri_convert -rl reference_image.img -rt interpolate image_to_resample.img new_image.img

2 - Использование FSL:

flirt -in image_to_resample.img -ref ref_image.img -out new_image.img -applyisoxfm 1

Также вы можете использовать SPM, «Coregister (Reslice)».

Надеюсь, это поможет!

источник

2016-06-29 14:41:48 DemetriusRPaula

Resampling fmri images using R

ответ

Смежные вопросы