Доступ к SS_cons через AlignIO

Question

Я пытаюсь получить доступ к строке SS_cons в выравнивании stockholm, который был создан с адским. Я использую AlignIO от biopython 1.63.

from Bio import AlignIO 
alignment = list(AlignIO.parse(sys.argv[1], "stockholm"))[0] 
print alignment.annotations 

Есть ли специальное свойство объекта выравнивания или возникла проблема с файлом выравнивания?

alignment file

Answer 1

Как я уже говорил, это не может быть сделано с помощью Biopython (из-за ошибки), Вы должны будете сделать это вручную, например:

ss_cons = "".join([line.split()[-1] for line in open("Acoela.aln") 
        if line.startswith("#=GC SS_cons")]) 

print(ss_cons) 

вы получите:

(((((((,,<<<<............._____~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~>>>>,<<<<<_______~~~~~>>>>>.,,,,<<<<<....____~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~>>>.>>))))))):