В Unity большое количество материалов и объектов в вашей сцене означает потенциально плохую производительность/частоту кадров. Чем больше материалов у вас есть, тем больше у вас призывов. Вот большое объяснение:
http://answers.unity3d.com/questions/14578/whats-the-best-way-to-reduce-draw-calls.html
Также см:
http://docs.unity3d.com/Manual/DrawCallBatching.html
Вы хотите использовать в качестве нескольких материалов, как это возможно в вашей сцене. Это позволит Unity использовать только 1 призыв к призыву для каждого из ваших игровых объектов, которые используют один и тот же материал. Поэтому, чтобы разные объекты использовали один и тот же материал, вам нужно будет объединить текстуры в атлас, чтобы они могли использовать одну и ту же текстуру. Вам просто нужно упорядочить текстуры в вашем атласе, чтобы сэкономить как можно больше места.
Конечно, если у вас есть только несколько моделей, бессмысленно делать атлас, так как это никак не повлияет на вашу производительность.