Вы можете поместить свои очки в пространственный индекс, и запрос, который индексировать каждый раз, когда изменение границ карты, добавляя и удаляя маркера, как вы двигаетесь.
Одним из таких пространственных показателей является RBush автор: Владимир Агафонкин/mourner, автор Leaflet.
Сказав это, возможно, это не стоит 3000 маркеров, с которыми большинство клиентов должны иметь возможность обращаться.
Возможно, вы также захотите посмотреть Leaflet.markercluster, если вы еще этого не сделали. Он может обрабатывать очень большие количества маркеров.