Модели с нулевым надуванием в квазипуассоне в R (glmmadmb, pscl)

Question

В: Может ли быть установлена ​​модель квазипуассонов с нулевым раздувом в R?

Я знаю, что ноль-надутый пуассон и нуль-накачанный отрицательный биномиальный оба могут быть установлены с каждым pscl::zeroinfl() и glmmADMB::glmmadmb().

Однако в примерах помощи-файлов для pscl::zeroinfl(), квази-Пуассон устанавливается без учета инфляции, но исключены из инфляции демонстрации:

## data 
data("bioChemists", package = "pscl") 

## without inflation 
## ("art ~ ." is "art ~ fem + mar + kid5 + phd + ment") 
fm_pois <- glm( art ~ ., data = bioChemists, family = poisson) 
fm_qpois <- glm( art ~ ., data = bioChemists, family = quasipoisson) 
fm_nb <- glm.nb(art ~ ., data = bioChemists) 

## with simple inflation (no regressors for zero component) 
fm_zip <- zeroinfl(art ~ . | 1, data = bioChemists) 
fm_zinb <- zeroinfl(art ~ . | 1, data = bioChemists, dist = "negbin") 

и единственные варианты дист являются dist = c("poisson", "negbin", "geometric").

В документации справка-файл для glmmADMB::glmmadmb(), отрицательные биномиальный является family="nbinom" в то время как Квази-Пуассон family="nbinom1" и определение аргумента для zeroInflation состояний:

zeroInflation: whether a zero-inflated model should be fitted 
       (only "poisson" and "nbinom" families). 

Я понимаю, что Квази-Пуассон модель имеет преимущество учета сверхдисперсии (хотя и линейно); то есть, если P является пуассоновским и Q является Квази-Пуассона:

, но, возможно, потому, что they lack a proper likelihood они не могут быть так легко реализовать, и именно поэтому они, очевидно, исключены из двух наиболее популярных нулевой завышены пакетов. ..

Answer 1

В: Может ли установленная модель с квазипуассоном с нулевым зарядом быть установлена ​​в R?

A: Да, действительно, нулевой надутый Квази-Пуассона модель будет установлена ​​в R.

Отложите pscl::zeroinfl() и сосредоточиться на glmmADMB::glmmadmb().

Несколько вещей для glmmADMB::glmmadmb():

• family="nbinom1" по-прежнему отрицательное биномиальное модель с действительной вероятности - помощь-файл просто утверждает, что параметризация соответствует quasipoisson. Если вы выкопаете кишки glmmADMB::glmmadmb(), вы увидите, что «nbinom», «nbinom1» и «nbinom2» все изменены на family="nbinom" и что указание «nbinom1» просто создает флаг для отправки tau=alpha вместо tau=(1+e1+lambda/alpha) в .tpl file.

• Кроме того, сопровождающим пакета использует family="nbinom1" и zeroInflation=TRUE в качестве предпочтительной модели в анализе около owls displayed on page 17 of a PDF at the ADMB website:

  gfit3 < - glmmadmb (NCalls (FoodTreatment + ArrivalTime) * SexParent + смещение (logBroodSize) + (1 | гнездо), данные = Совы, zeroInflation = TRUE, семья = "nbinom1")

• Хотя this discussion не о zeroInflation=TRUE и family="nbinom1" мо del, Бен объясняет параметризацию nbinom1 по сравнению с квазипуассоном в случае zeroInflation=FALSE.