R - Извлечение параметра overdispersion из вывода glmmadmb

Question

Мне интересно, узнать ли кто-нибудь об извлечении оценки параметра дисперсии из вывода glmmadmb в R. Я использую отрицательную биномиальную модель и хотел бы используйте этот код для нескольких разных видов без необходимости входить и вручную извлекать это значение для остальной части кода.

Это пример моего выхода:

> summary(mod1) 

     Call: 
      glmmadmb(formula = species ~ (1 | year) + (1 | site), data = cs, 
      family = "nbinom2", link = "log") 

     AIC: 8131.7 

     Coefficients: 
     Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)  
     (Intercept)  4.05  0.19 21.3 <2e-16 *** 
      --- 
     Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

     Number of observations: total=798, year=53, site=15 
     Random effect variance(s): 
     Group=year 
        Variance StdDev 
     (Intercept) 0.1925 0.4388 
     Group=site 
        Variance StdDev 
     (Intercept) 0.4748 0.689 

     Negative binomial dispersion parameter: 1.7211 (std. err.: 0.088936) 

     Log-likelihood: -4061.86 

я не нашел функцию, которая извлекает эту величину.

Спасибо заранее!

Answer 1

помощь страница glmmadmb, говорит, между прочим:

Значение:

An object of class ‘"glmmadmb"’ representing the model fit, 
including (among others) components: 

    b: vector of fixed effects 

    S: covariance matrix of random effects 

альфа: масштабный параметр/overdispersion (отрицательное биномиальное, гамма, бета)

Итак, я думаю, mod1$alpha (или mod1[["alpha"]], если вы хотите быть очень осторожным), следует получить что ты хочешь.

Если документации там не было, вы могли бы (1) посмотреть код glmmADMB:::print.summary.glmmadmb, как предложено @DWin; (2) посмотрите на names(mod1), или str(mod1), чтобы найти кусок объекта модели, соответствующий тому, который вам нужен.

Там, вероятно, должна быть методом сбруи, но я не знаю, что есть последовательная условность в R для извлечения параметров дисперсии типа для моделей ...