PCA между matlab PLS toolsbox и R

Question

Я недавно начал делать PCA с некоторым результатом сообщества пиросеквенирования (который в основном расскажет, сколько видов в разных образцах). Я имею два варианта на программное обеспечение - PLS инструменты в MATLAB или пакет веганский в R.

В R, I входной мой normallised файла (относительное содержание) и использовать RDA в пакете веганский:

pca<-rda(myfile) 
biplot(pca) 

Я заметил что PLS-инструменты дают вам возможность выбирать среднее центрирование, с этой опцией, график PCA выглядит совершенно по-другому между программным обеспечением. Мне интересно, не означает ли этот средний параметр центрирования? Я прочитал какой-то веб-сайт, в котором упоминалось, что мы всегда должны делать среднее центрирование для PCA, есть ли какой-либо способ, который я могу сделать для центрирования в R? Или функция rda в R сама по себе центрировала?

Спасибо

Answer 1

Mean центрирование осуществляется автоматически и всегда в rda() функции в веганский. Функция vegan не предлагает вам другого варианта. Также нет стандартных функций R prcomp (рекомендуется), а не princomp (не рекомендуется).