Интересно, что это за «предупреждения» и как я могу избавиться от них. Если я навещу над белой маркировкой или стрелками, они появятся. Но те, что поступают из стрелок, показывают код, который я уже удалил.Настройки в PhpStorm IDE
Это не предупреждение, а только помощник из VCS компонента PhpStorm.
Он просто отмечает места, где что-то было удалено со времени последней фиксации. Если вы зафиксируете изменения, маркер исчезнет.
Это похоже на зеленые и синие метки, которые показывают, какие строки были добавлены или изменены с момента последнего фиксации.