Я не пытался сделать это в PhpStorm, но если вы открыты для других инструментов, BeyondCompare (коммерческая, но относительно недорогой) может это сделать ...
http://www.scootersoftware.com/support.php?zz=kb_unimportantv3
Чтобы применить ваши изменения ко всем файлам в сеансе ...
С текстом Compare active, нажмите кнопку «Правила» или перейдите к пункту меню «Сессия -> Настройки сеанса ...», а затем выберите Вкладка «Важность», которая не отображается в папке Compares (настройки сеанса полностью различаются в зависимости от того, какой тип сравнения вы делаете нг). Вы можете определить конкретный текст, чтобы игнорировать его, а также редактировать грамматику.
В нижней части диалогового окна есть окно выбора для того, относится ли это только к виду, которое вы показываете или более широко. Выберите «Использовать для всех файлов в родительском сеансе», сохраните его, убедитесь, что сопоставление файлов, которое вы показываете, соответствует вашему желанию, а затем выполните полное обновление, чтобы применить это сравнение к остальным файлам сеанса.
Если правила - это единственное, что вам нужно, переключитесь на сравнение папок, нажмите кнопку «Правила», а затем на вкладке «Сравнение» установите флажок «Сравнить содержимое: сравнение на основе правил» и включите «Переопределить» «быстрые результаты теста» и «Пропустить, если быстрые тесты показывают, что файлы одинаковы»
AFAIK в PhpStorm невозможно игнорировать определенные строки или конкретное содержимое линии. – LazyOne
Может быть, если вы посмотрите в keybinds, вы найдете что-то полезное? Я видел некоторые функции diff, но я не знаю, являются ли они также для инструмента diff или только для слияния VCS. – beppe9000