Как извлечь нижний треугольник матрицы расстояний в значения попарных столбцов в R

Question

У меня есть матрица расстояний, которая называется mydist. Я хочу извлечь нижний треугольник матрицы в парную комбинацию значений столбца. Например:

sampleA   sampleB    values 
S05-F13-P01_C S05-F13-P01_C   2251 
S08-F10-P01_C S08-F10-P01_C   2246 

. . так далее

ДАТа

mydist<-structure(c("2251", "1923", "2085", "1954", "2105", "0", "2246", 
"2094", "1955", "2127", "0", "0", "2521", "2110", "2329", "0", 
"0", "0", "2276", "2141", "0", "0", "0", "0", "2561"), .Dim = c(5L, 
5L), .Dimnames = list(c("S05-F13-P01_C", "S08-F10-P01_C", "S08-F11-P01_C", 
"S09-F66-P01_C", "S09-F67-P01_C"), c("S05-F13-P01_C", "S08-F10-P01_C", 
"S08-F11-P01_C", "S09-F66-P01_C", "S09-F67-P01_C"))) 

Answer 1

Мы можем попробовать

i1 <- lower.tri(mydist, diag=TRUE) 
i2 <- which(i1, arr.ind=TRUE) 
data.frame(sampleA = colnames(mydist)[i2[,1]], 
     sampleB = colnames(mydist)[i2[,2]], value = mydist[i1]) 

Answer 2

Это похоже на работу:

cbind(rownames(mydist)[which(lower.tri(mydist, diag=T), arr.ind=T)[,1]], 
     colnames(mydist)[which(lower.tri(mydist, diag=T), arr.ind=T)[,2]], 
     mydist[lower.tri(mydist, diag=T)]) 

Или, превращая его в data.frame, как @akrun делает:

temp1 <-data.frame(sampleA=rownames(mydist)[which(lower.tri(mydist, diag=T), arr.ind=T)[,1]], 
        sampleB=colnames(mydist)[which(lower.tri(mydist, diag=T), arr.ind=T)[,2]], 
        value=as.numeric(mydist[lower.tri(mydist, diag=T)]), stringsAsFactors=F) 

Answer 3

Я хотел бы рассмотреть следующее:

data.frame(as.table(mydist))[lower.tri(mydist, diag = TRUE), ] 
##    Var1   Var2 Freq 
## 1 S05-F13-P01_C S05-F13-P01_C 2251 
## 2 S08-F10-P01_C S05-F13-P01_C 1923 
## 3 S08-F11-P01_C S05-F13-P01_C 2085 
## 4 S09-F66-P01_C S05-F13-P01_C 1954 
## 5 S09-F67-P01_C S05-F13-P01_C 2105 
## 7 S08-F10-P01_C S08-F10-P01_C 2246 
## 8 S08-F11-P01_C S08-F10-P01_C 2094 
## 9 S09-F66-P01_C S08-F10-P01_C 1955 
## 10 S09-F67-P01_C S08-F10-P01_C 2127 
## 13 S08-F11-P01_C S08-F11-P01_C 2521 
## 14 S09-F66-P01_C S08-F11-P01_C 2110 
## 15 S09-F67-P01_C S08-F11-P01_C 2329 
## 19 S09-F66-P01_C S09-F66-P01_C 2276 
## 20 S09-F67-P01_C S09-F66-P01_C 2141 
## 25 S09-F67-P01_C S09-F67-P01_C 2561