Это, кажется, не представляется возможным с помощью пары не действуют непосредственно, если с помощью макета, как предложено в комментариях. Обходной путь состоял бы в том, чтобы построить график зависимости и график гистограммы отдельно. Если вам понравилась пустой X1-X2-X3 диагональ, что представлено парами вы в основном могли бы имитировать, что использование вместо сетки 3х3:
par(mfrow=c(2,2))
plot(X1, X2, xlab="X1", ylab="X2", main="")
hist(X4, main="")
plot(X1, X3, xlab="X1", ylab="X3", main="")
plot(X2, X3, xlab="X2", ylab="X3", main="")
'pairs' это просто синтаксический сахар. Вы можете легко достичь этого, создав «макет» самостоятельно, вместо использования «пар». – Roland