Для моих личных проектов, где я являюсь единственным разработчиком (и во многих случаях единственным пользователем), у меня есть самостоятельный выпускник, который я сделал много лет назад, когда единственное имя в (бесплатной) проблеме трекеры были Bugzilla, которые мне не нравились.
Для нового проекта с несколькими разработчиками, над которым я работаю, мы используем Redmine. Он написан на Ruby (on Rails), но его легко настроить на Linux, поддерживает множество систем управления версиями, есть плагины и вики (включая плагины для изменения синтаксиса wiki, я написал один для синтаксиса в стиле Mediawiki, поскольку он был более знаком людям, использующим его). Я не знаю об этом API/интеграции, но с плагинами, вероятность того, что вы можете найти или написать что-то, чтобы делать то, что вам нужно.
Аналогичный вопрос, может быть полезно, имеет 116 ответов: http://stackoverflow.com/questions/12328/what-bug-tracking-software-do-you-use – Kzqai