Проверьте настройки своего класса и версию biojava.
Я взял пример с веб-страницы в сочетании с версией 3.0.7 biojava. Вот что я сделал
Загрузите biojava.jar
wget http://biojava.org/download/maven/org/biojava/biojava3-core/3.0.7/biojava3-core-3.0.7.jar
- Создать Java файл
FastaOpen.java
, содержащий код, взятый из вашей ссылке
Compile
javac -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen.java
Выполнение
java -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen
Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 0
at FastaOpen.main(FastaOpen.java:20)
Исключение в порядке, так как я не указать имя файла. Итак, для меня пример работает. И если я не указать путь к классам во время компиляции я получаю те же ошибки, как и вы, например .:
FastaOpen.java:5: error: package org.biojava3.core.sequence does not exist
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;
Приведенное выше описание работает на Linux. В MS Windows, вы должны попробовать что-то похожее на follwing команд (выданную в Powershell)
Компиляция
PS > & 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\javac.exe' -cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar" .\FastaOpen.java
Execution
PS > & 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\java.exe' -cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar;C:\Users\stefan\Downloads" FastaOpen
(оба файла, исходный Java/класс и банку находятся в каталоге Downloads
.
Какую версию биоявы вы загрузили? Их очень много ... –
Я скачал 3.07 из http://biojava.org/wiki/BioJava:Download#Manual_Download – sam