Как собирать данные из текстового файла в dict в Python?

Question

У меня есть следующая таблица генерируется в виде текстового файла, «fasta.txt»

   A    C    G    T    
0    0.195965417867 0.322766570605 0.35446685879 0.126801152738 
A1    0.25   0.1875   0.3125   0.25    
C1    0.25   0.475   0.225   0.05    
G1    0.135135135135 0.243243243243 0.405405405405 0.216216216216 
T1    0.142857142857 0.285714285714 0.285714285714 0.285714285714 
A2    0.125   0.208333333333 0.625   0.0416666666667 
C2    0.0833333333333 0.416666666667 0.305555555556 0.194444444444 
G2    0.111111111111 0.361111111111 0.388888888889 0.138888888889 
T2    0.1    0.15   0.55   0.2    
A3    0.333333333333 0.25   0.416666666667 0.0    
C3    0.314285714286 0.4    0.171428571429 0.114285714286 
G3    0.254901960784 0.372549019608 0.333333333333 0.0392156862745 
T3    0.235294117647 0.235294117647 0.470588235294 0.0588235294118 

, и я хочу взять данные из текстового файла и поместить их либо в Словаре или список списков. я пытался использовать метод полос

with open('fasta.txt') as f: 
    for l in f: 
     print l.strip().split("\t") 

но это на самом деле не работает, как я хочу.

Я хочу знать, как собрать статистику (кроме 0) строк в Словарь, как показано ниже:

d = {"AA":{"1":0.25,"2":0.125,"3":0.333333333333}, "AC":{"1":0.1875,"2":0.208333333333,"3":0.25}, "AG":{"1":0.3125,"2":0.625,"3":0.416666666667}, "AT":{"1":0.25,"2":0.0416666666667,"3":0.0}, "CA":{"1":...,"2":...,"3":...}, "CC":{"1":...,"2":...,"3":...}, "CG":{"1":...,"2":...,"3":...}, "CT":{"1":...,"2":...,"3":...}, "GA":{"1":...,"2":...,"3":...}, "GC":{"1":...,"2":...,"3":...}, "GG":{"1":...,"2":...,"3":...}, "GT":{"1":...,"2":...,"3":...}, "TA":{"1":...,"2":...,"3":...}, "TC":{"1":...,"2":...,"3":...}, "TT":{"1":...,"2":...,"3":...}, "TG":{"1":...,"2":...,"3":...}} #(... represents the respective data from the table) 

Спасибо заранее, и я действительно новичок в Python. Проблема заключается в сборе данных из текстового файла, а не файла csv, который использует уникальный модуль csv для сбора данных.

Answer 1

Я думаю, что я понимаю таблицу, которая у вас есть, но если следующее не работает, дайте мне знать , Я попытался сделать этот код как можно более общим (т. Е. Чтение в строке заголовка и не предполагать 4 базы в качестве заголовка, так что это может работать и для файла белка). Этот код должен произвести Dict вы хотите:

from collections import defaultdict 

d=defaultdict(dict) 
with open('fasta.txt') as f: 
    headerFields=f.readline().split() 
    # discard "0" line 
    foo=f.readline() 
    for line in f: 
     fields = line.split() 
     for i, stat in enumerate(fields[1:]): 
      d[''.join((fields[0][0], headerFields[i]))][fields[0][1]] = stat 

print dict(d) 

Также обратите внимание, что вам не нужно strip(), если вы собираетесь просто разделить на белое пространство (по умолчанию для разделения), как вы можете увидеть в моем коде. Надеюсь это поможет!