scipy разреженные матрицы в качестве входных данных для petsc4py

Question

Я не могу найти способ эффективного загрузки scipy разреженных матриц, например. csr_matrix, в матрицу petsc4py, например. PETSc.Mat().createAIJ. Я нашел this thread, но я не могу применить его.

Я также был бы признателен за указатель, где этот материал фактически документирован. Примеры в каталоге demo объясняют только часть, и я не вижу никаких docstrings.

Answer 1

Ваша ссылка говорит, что для создания разреженной матрицы в PETSc, вы должны использовать команду:

PETSc.Mat().createAIJ(size=(nrows,ncols), csr=(ai,aj,aa)) 

Согласно this, в ai, aj и aa являются, в PETSc-говорят:

> i - row indices 
> j - column indices 
> a - matrix values 

Они эквивалентны, соответственно, к .indptr, .indices и .data атрибутов scypy.sparse.csr_matrix см docs.

Так что, если ваша ссылка верна, то должно работать:

>>> from petsc4py import PETSc 
>>> import scipy.sparse 
>>> csr_mat = scipy.sparse.rand(1000, 1000, density=0.001, format='csr') 
>>> petsc_mat = PETSc.Mat().createAIJ(size=csr_mat.shape, 
...         csr=(csr_mat.indptr, csr_mat.indices, 
...          csr_mat.data)) 

К сожалению, я не могу проверить это сам.