Извините, если это не лучший форум, чтобы задать этот вопрос.Цитирование через класс ltraj?
Может ли кто-нибудь быть в состоянии петли/итерации, хотя несколько оцифрованных GPS-лиц, которые находятся в классе ltraj (adehabitatlt)?
Я пытался вычислить Prox (https://cran.r-project.org/web/packages/wildlifeDI/vignettes/wildlifeDI-vignette.pdf) для нескольких человек, но боюсь, как именно цикл класса ltraj, потому что он отличается от dataframe (к которому я привык).
Заранее спасибо.
install.packages('wildlifeDI', dependencies=TRUE)
library(wildlifeDI)
library(adehabitatLT)
chupacabra <- structure(list(CollarID = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("A4116F", "A4117M", "A4118F"), class = "factor"),
DateTime = structure(c(1433653200, 1433667600, 1433682060,
1433682300, 1433682600, 1433682900, 1433683200, 1433683500,
1433683800, 1433684100, 1433684400, 1433684700, 1433685000,
1433685300, 1433685600, 1433685900, 1433686200, 1433686500,
1433686800, 1433687100, 1433687400, 1433687700, 1433688000,
1433688300, 1433688600, 1433688900, 1433689200, 1433689500,
1433689800, 1433690100, 1433690400, 1433690700, 1433691000,
1433691300, 1433691600, 1433691900, 1433692200, 1433692500,
1433692800, 1433693100, 1433693400, 1433693700, 1433694000,
1433694300, 1433694600, 1433694900, 1433695200, 1433695500,
1433695800, 1433696100, 1433696400, 1433710860, 1433714400,
1433714700, 1433715000, 1433715300, 1433715600, 1433715900,
1433716200, 1433716500, 1433716800, 1433717100, 1433717400,
1433717700, 1433718000, 1433718300, 1433718600, 1433718900,
1433719200, 1433719500, 1433719800, 1433720100, 1433720400,
1433720700, 1433721000, 1433721300, 1433721600, 1433721900,
1433722200, 1433722500, 1433722800, 1433723100, 1433723400,
1433723700, 1433724060, 1433724300, 1433724600, 1433724900,
1433725200, 1433653200, 1433667660, 1433682060, 1433682300,
1433682600, 1433682900, 1433683200, 1433683500, 1433683800,
1433684100, 1433684400, 1433684700, 1433685000, 1433685300,
1433685660, 1433685900, 1433686200, 1433686500, 1433686800,
1433687100, 1433687400, 1433687700, 1433688000, 1433688300,
1433688660, 1433688900, 1433689200, 1433689500, 1433689800,
1433690100, 1433690400, 1433690700, 1433691000, 1433691300,
1433691600, 1433691900, 1433692200, 1433692500, 1433692800,
1433693100, 1433693400, 1433693700, 1433694060, 1433694300,
1433694600, 1433694900, 1433695200, 1433695500, 1433695800,
1433696100, 1433696400, 1433710860, 1433714400, 1433714700,
1433715000, 1433715300, 1433715600, 1433715900, 1433716200,
1433716500, 1433716800, 1433717100, 1433717400, 1433717700,
1433718000, 1433718300, 1433718600, 1433718900, 1433719200,
1433719500, 1433719800, 1433720100, 1433720400, 1433720700,
1433721000, 1433721300, 1433721600, 1433721900, 1433722200,
1433722500, 1433722800, 1433723100, 1433723400, 1433723700,
1433724000, 1433724300, 1433724600, 1433724900, 1433725200,
1433653249, 1433667666, 1433682089, 1433682349, 1433682632,
1433682936, 1433683234, 1433683536, 1433683837, 1433684144,
1433684443, 1433684739, 1433685031, 1433685370, 1433685634,
1433685935, 1433686236, 1433686536, 1433686826, 1433687142,
1433687448, 1433687736, 1433688034, 1433688337, 1433688649,
1433688936, 1433689236, 1433689531, 1433689827, 1433690139,
1433690433, 1433690736, 1433691048, 1433691336, 1433691634,
1433691941, 1433692236, 1433692535, 1433692833, 1433693129,
1433693434, 1433693735, 1433694028, 1433694373, 1433694642,
1433694931, 1433695234, 1433695542, 1433695831, 1433696148,
1433696448, 1433710908, 1433714437, 1433714737, 1433715036,
1433715366, 1433715636, 1433715969, 1433716234, 1433716536,
1433716827, 1433717137, 1433717435, 1433717733, 1433718048,
1433718336, 1433718636, 1433718973, 1433719272, 1433719530,
1433719837, 1433720136, 1433720431, 1433720736, 1433721031,
1433721336, 1433721640, 1433721946, 1433722236, 1433722528,
1433722842, 1433723137, 1433723434, 1433723730, 1433724035,
1433724370, 1433724634, 1433724936, 1433725236), class = c("POSIXct",
"POSIXt"), tzone = ""), UTM_X = c(636979.2503, 636977.6583,
637402.4471, 637400.3063, 637402.3105, 637407.1977, 637406.3305,
637408.2991, 637407.1907, 637407.8414, 637406.7617, 637407.1614,
637409.8019, 637431.5235, 637465.9644, 637495.9583, 637525.2219,
637573.6033, 637645.3501, 637683.3844, 637691.6229, 637693.4815,
637693.4973, 637691.2483, 637691.9061, 637693.6377, 637692.1106,
637692.3169, 637690.9989, 637691.4503, 637693.6252, 637692.4915,
637694.9434, 637692.6685, 637692.8116, 637694.6787, 637694.4404,
637695.9109, 637696.8945, 637695.2403, 637695.4283, 637694.6085,
637693.4962, 637695.6229, 637734.7283, 637773.2897, 637774.9891,
637787.6573, 637792.285, 637807.0486, 637834.6231, 637497.3348,
637149.9982, 637145.0345, 637178.159, 637181.8251, 637181.1075,
637178.023, 637175.327, 637179.9138, 637180.2833, 637181.5512,
637185.8749, 637181.0011, 637177.401, 637177.4498, 637176.787,
637176.0093, 637175.5126, 637177.9578, 637178.5819, 637188.3911,
637188.7303, 637189.496, 637204.3885, 637195.2063, 637204.9823,
637201.5235, 637212.3355, 637274.4294, 637293.0009, 637296.3954,
637331.3382, 637358.4369, 637365.1677, 637357.5562, 637355.3896,
637345.4827, 637339.1054, 628920.3789, 628869.9781, 630028.6781,
630156.4557, 629878.756, 629658.9786, 629412.6432, 629257.5965,
629405.8967, 629113.4479, 628955.5124, 628852.0231, 628711.9202,
628632.7134, 628621.7724, 628622.2565, 628683.6018, 628771.1182,
628790.8437, 628867.7592, 628881.9794, 628830.9898, 628681.9202,
628575.3395, 628578.1836, 628656.4902, 628659.2271, 628656.689,
628660.4677, 628657.294, 628657.077, 628689.6585, 628727.0131,
628716.6979, 628703.8397, 628678.6953, 628679.3594, 628681.3549,
628625.6275, 628563.1372, 628488.425, 628482.5023, 628469.2209,
628417.9697, 628407.7352, 628405.374, 628393.143, 628394.0092,
628396.2344, 628395.05, 628395.7787, 627684.7989, 627704.889,
627702.5528, 627702.0422, 627708.7906, 627706.9374, 627687.0371,
627622.0573, 627605.7932, 627603.5707, 627587.8803, 627606.0471,
627603.2967, 627602.954, 627603.5844, 627604.1232, 627601.697,
627581.6104, 627599.7062, 627616.327, 627661.7402, 627889.446,
627883.5896, 627803.1167, 627792.5918, 627716.0886, 627720.8854,
627671.8217, 627666.9994, 627586.7035, 627584.4273, 627532.492,
627502.6326, 627430.6781, 627408.8845, 627357.5049, 627406.0466,
627427.1382, 636666.3215, 636629.7032, 637179.9041, 637187.7067,
637183.5281, 637193.2082, 637227.2331, 637290.2543, 637347.9311,
637373.0887, 637368.8923, 637371.0722, 637383.95, 637480.1799,
637510.543, 637558.428, 637676.2714, 637682.3564, 637680.8591,
637682.8516, 637680.8317, 637680.8341, 637681.9818, 637681.2897,
637681.3658, 637681.9234, 637681.8824, 637682.0629, 637684.8756,
637681.602, 637682.7548, 637680.8578, 637682.9887, 637680.2496,
637681.4629, 637682.3731, 637682.2223, 637684.1076, 637681.7127,
637681.1249, 637681.6758, 637681.595, 637682.5253, 637702.3094,
637728.9487, 637784.0853, 637776.5727, 637785.2538, 637786.6413,
637807.9935, 637834.8672, 637485.5191, 637148.5674, 637139.2974,
637174.9104, 637191.9371, 637179.4262, 637175.7715, 637176.3455,
637174.5459, 637174.2012, 637173.7462, 637177.3967, 637176.6907,
637177.8458, 637178.0774, 637178.4151, 637178.3272, 637178.2442,
637177.6655, 637176.734, 637186.2713, 637185.0998, 637197.4201,
637197.9147, 637204.1485, 637203.1784, 637204.4993, 637205.3515,
637279.9058, 637303.773, 637303.5724, 637330.3473, 637354.416,
637366.5627, 637340.7274, 637357.5505, 637350.709, 637349.689
), UTM_Y = c(3365828.581, 3365826.066, 3364992.673, 3364991.006,
3364989.036, 3364990.816, 3364989.486, 3364991.849, 3364991.37,
3364990.059, 3364989.58, 3364991.403, 3364991.536, 3364985.614,
3365030.733, 3365054.446, 3365091.064, 3365138.444, 3365289.033,
3365390.111, 3365398.839, 3365387.124, 3365390.427, 3365386.696,
3365387.104, 3365379.344, 3365386.131, 3365388.805, 3365385.152,
3365385.158, 3365386.394, 3365385.637, 3365385.48, 3365386.071,
3365385.397, 3365387.416, 3365387.269, 3365389.505, 3365389.971,
3365387.833, 3365389.676, 3365390.685, 3365385.96, 3365384.934,
3365352.152, 3365369.878, 3365376.795, 3365390.013, 3365382.689,
3365382.189, 3365410.939, 3365683.847, 3365620.829, 3365574.121,
3365527.084, 3365501.513, 3365502.801, 3365512.739, 3365514.733,
3365512.885, 3365511.016, 3365512.562, 3365510.255, 3365511.235,
3365509.494, 3365509.439, 3365509.431, 3365509.388, 3365510.678,
3365509.534, 3365511.083, 3365511.85, 3365514.659, 3365513.371,
3365525.476, 3365526.036, 3365529.429, 3365528.676, 3365513.172,
3365507.793, 3365514.623, 3365512.105, 3365504.477, 3365512.401,
3365495.238, 3365490.863, 3365441.075, 3365411.542, 3365403.003,
3371496.516, 3371594.382, 3370587.966, 3370380.241, 3370270.012,
3370346.817, 3370433.295, 3370488.189, 3370225.222, 3370122.896,
3370174.202, 3370232.298, 3370192.371, 3370255.722, 3370283.548,
3370283.21, 3370305.674, 3370344.002, 3370354.4, 3370348.973,
3370200.353, 3370078.071, 3370123.589, 3370194.686, 3370393.878,
3370500.265, 3370498.635, 3370498.882, 3370497.663, 3370499.687,
3370500.172, 3370633.763, 3370704.904, 3370839.426, 3370879.943,
3370950.842, 3370957.988, 3370963, 3371031.496, 3371082.487,
3371109.89, 3371112.17, 3371118.807, 3371167.072, 3371168.581,
3371170.127, 3371178.074, 3371177.097, 3371178.11, 3371176.777,
3371178.482, 3371566.662, 3371622.632, 3371621.252, 3371619.772,
3371623.975, 3371627.245, 3371636.71, 3371612.734, 3371598.776,
3371590.192, 3371636.009, 3371656.352, 3371656.719, 3371656.471,
3371656.755, 3371659.1, 3371656.401, 3371688.243, 3371717.065,
3371741.492, 3371755.505, 3371618.156, 3371595.308, 3371615.82,
3371560.55, 3371552.166, 3371572.884, 3371547.544, 3371530.616,
3371559.755, 3371591.63, 3371612.877, 3371657.663, 3371727.149,
3371739.263, 3371823.645, 3371912.149, 3371969.549, 3366104.602,
3365712.344, 3365494.627, 3365496.045, 3365484.575, 3365475.02,
3365485.304, 3365467.377, 3365477.805, 3365507.809, 3365510.682,
3365519.888, 3365527.19, 3365491.394, 3365490.37, 3365468.274,
3365393.413, 3365389.355, 3365386.964, 3365391.977, 3365389.125,
3365388.937, 3365389.35, 3365389.375, 3365387.159, 3365387.133,
3365386.578, 3365386.735, 3365386.161, 3365387.472, 3365387.487,
3365387.064, 3365387.977, 3365385.016, 3365387.836, 3365388.036,
3365387.048, 3365389.909, 3365387.074, 3365384.939, 3365387.717,
3365388.026, 3365388.16, 3365385.728, 3365344.996, 3365374.693,
3365377.679, 3365387.866, 3365389.823, 3365391.779, 3365410.631,
3365698.174, 3365622.297, 3365571.954, 3365511.957, 3365510.265,
3365505.086, 3365509.196, 3365512.44, 3365513.438, 3365508.777,
3365509.049, 3365509.838, 3365506.403, 3365507.748, 3365510.711,
3365509.075, 3365507.666, 3365508.152, 3365505.285, 3365498.401,
3365508.531, 3365508.483, 3365513.538, 3365520.783, 3365519.376,
3365523.92, 3365529.634, 3365529.866, 3365498.661, 3365512.941,
3365509.801, 3365503.056, 3365513.548, 3365502.683, 3365482.215,
3365438.852, 3365412.317, 3365406.363)), .Names = c("CollarID",
"DateTime", "UTM_X", "UTM_Y"), row.names = c(NA, -267L), class = "data.frame")
Комментирование некорректного преобразования
# chupacabra$DateTime <-as.POSIXct(strptime(chupacabra$DateTime, format='%m/%d/%Y %H:%M:%S'),origin='1970-01-01')
chupacabra2<-as.ltraj(chupacabra[, c("UTM_X","UTM_Y")], date=chupacabra$DateTime,id=chupacabra$CollarID, typeII=TRUE)
monster1<-chupacabra2[1] #extract the first chupacabra
monster2<-chupacabra2[2] #extract the second chupacabra
proxdf <-Prox(monster1,monster2, tc=0.5*60,dc=210, local =TRUE)
Вот образец chupcabras, что мы отслеживали. Мы хотели бы изучить, как часто они взаимодействуют друг с другом. В этом наборе данных есть 3 человека (но у нас много много чук-кабр), и нецелесообразно вытаскивать животных/существ 1 на 1 для расчета близости. Я бы хотел сделать цикл for (для i в уникальном ID, возможно), но я не понимаю, как это сделать, когда данные находятся в формате ltraj. Любая помощь будет оценена.
Не просьба никому делать свою работу за меня. Просто прошу, чтобы кто-нибудь зациклился на ltraj в прошлом. – ecologist55
После более пристального изучения временных графиков необработанных данных, я думаю, ваш выбор временного интервала для определения «одновременности» значений позиции должен быть удвоен. Это означает, что вы разрешаете только полные 60 секунд для разделения «смежных» значений времени. Это значительно увеличивает количество штампов времени, которые появляются в результате результата 'Prox(). Понятно, что целью было записать данные с интервалом в 5 минут. Вы также должны рассмотреть возможность удаления вашего комментария к моему вопросу. –