Это действительно зависит от того, какие изменения необходимо внести, и для получения конкретных указаний вам нужно будет указать точные типы модификаций, которые вы пытаетесь сделать (до/после изменения кода).
Дополнения к библиотеке можно, вероятно, сделать без изменения самой библиотеки, просто добавив новые методы в модуль или просто создав новые методы в вашем собственном модуле.
Замена существующих методов на собственную версию также может быть выполнена без фактического изменения источника, просто заменив данный метод ссылкой на новую реализацию в вашем исходном файле.
Исправление ошибок, вероятно, должно выполняться с помощью какой-либо системы управления версиями (например, GitHub), чтобы вы могли легче применять исправления, которые вы уже сделали, к новой версии исходного кода.
Опциональное изменение существующего кода, чтобы сделать что-то другое или работать по-другому, должно быть, вероятно, полностью устранено, потому что (как вы обнаружили), он создает сгущающий кошмар, когда вы хотите взять более новую версию исходного кода. Вместо этого напишите новую функцию, которая делает то, что вы хотите, и оставите текущую функцию на месте. Тогда ваша новая функция может жить, даже после перехода на новую версию.