Я использую окна исключительно для инструментов xilinx и modelsim. Раньше я использовал инструменты linux (7+ лет назад), но менялся из-за инструментов на работе (кажется, что вы в подобной лодке). Учитывая, что я был в основном в режиме графического интерфейса для обоих, не было никаких существенных различий. Я знаю, что xilinx предоставляет ярлык для окна терминала, в котором для вас настроены все соответствующие переменные среды. Он находится в папке аксессуаров каталога instal. Это, безусловно, помогает, поскольку вы упоминаете, что возникают различные переменные среды, которые появляются и сейчас. Совсем недавно у них возникла проблема, когда coregen не загружал IP-адрес, пока вы не установили какую-либо переменную среды. Форум xilinx довольно хорош для такого рода вещей. Короче говоря, у меня нет каких-либо подводных камней - это был довольно плавный переход, а не потому, что я сделал что-то, чтобы облегчить переход - инструменты просто схожи. всегда есть некоторые головные скребки, когда вы обновляете ISE, но для вас это просто ISE. Вполне возможно, что я полностью упустил что-то очевидное (прошло некоторое время с тех пор, как я коснулся инструментов на Linux, и с тех пор было много изменений в версии), или что я не точно помню свои дни linux с этими инструментами (или переход к окнам), но я не думаю, что у вас возникнут проблемы.