Кривая ROC с использованием предибуемости прогнозируемого класса

Question

Мне нужно нарисовать кривую ROC, используя предсказанные вероятности для двух задач класса. Потребность заключается в том, чтобы использовать различное ограничение вероятности для генерации кривой ROC.

Я предсказывающих вероятность класса с использованием случайных лес

mydata<-read.table(file="out-all-gm-pr-hpcuts-wor-noAl.tr", header=TRUE, sep ="") 
mydata$class <- as.factor(mydata$class) 
mydata.rf<-randomForest(class ~ ., data=mydata, importance = TRUE, mtry = 3, ntree = 100, proximity = TRUE) 

Прогноза на тестовых данных с использованием выше леса

mytestdata<-read.table(file="gmsim-craboff.tes",header=TRUE) 
testpred<-predict(mydata.rf,mytestdata,type='prob') 

теперь у меня есть файл данные теперь с истинной наклейкой класса и предсказанные вероятностями для тестовых данных , Мне нужно генерировать кривую ROC с использованием различного обрезания (скажем 0.1, 0.3, 0.5, 0.7, 0.9) по вероятностям. Как это сделать?

Answer 1

Я хотел бы сделать следующее:

library(pROC) 
roc(mytestdata$class, testpred, plot = TRUE)