Определение параллельной среды на Google Compute Engine с использованием Elasticluster

Question

Недавно я создал кластер Grid Engine на вычислительном двигателе с использованием Elasticluster (http://googlegenomics.readthedocs.org/en/latest/use_cases/setup_gridengine_cluster_on_compute_engine/index.html).

Мне было интересно, какая уместна команда запуска многопоточных пакетных заданий с разделяемой памятью на кластере виртуальной машины Compute Engine, работающей с Grid Engine.

Другими словами, каково имя (то есть pe_name) параллельной среды Grid Engine.

Предположим, что я хочу запустить задание с запросом на 4 cpus на 1 узел, что было бы правильной командой qsub.

До сих пор я пытался следующую команду:

qsub -cwd -l h_vmem = 800G -pe 6 run.sh SMP Невозможно выполнить задание: работа отвергнуто: запрашиваемую параллельное окружение "Smp" не существует ,

qsub -cwd -l h_vmem = 800G -pe omp 6 run.sh Невозможно выполнить задание: задание отклонено: запрошенная параллельная среда «omp» не существует.

Благодарим за помощь!

Answer 1

Я не верю, что в игру Elasticluster Ansible входит параллельная среда. Вы можете увидеть основную конфигурацию запуска на мастер здесь:

https://github.com/gc3-uzh-ch/elasticluster/blob/master/elasticluster/providers/ansible-playbooks/roles/gridengine/tasks/master.yml

Я считаю, вы можете просто подключить к мастеру и выдать «добавить Параллельная среда» команду:

$ qconf -ap Smp

и написать файл конфигурации, как:

pe_name   smp 
slots   9999 
user_lists  NONE 
xuser_lists  NONE 
start_proc_args /bin/true 
stop_proc_args /bin/true 
allocation_rule $fill_up 
control_slaves FALSE 
job_is_first_task FALSE 
urgency_slots min 
accounting_summary FALSE 

, а затем изменить конфигурацию очереди для all.q:

$ qconf -mq all.q

... 
pe_list    make smp 
... 

Я хотел бы также предложить подав вопрос с Elasticluster здесь:

https://github.com/gc3-uzh-ch/elasticluster/issues

Я бы ожидать, что кто-то уже сделал это в вилке от Elasticluster и может предоставить запрос тяги к основной вилке.

Надеюсь, что это поможет.

-Matt