R: Участок меньших кластеров от hclust

Question

У меня есть 250 объектов, и я использовал h <- hclust(distance.matrix, method = "single") для получения объекта hclust. Если я рисую дендрограмму от h, это просто беспорядок, потому что слишком много объектов, и метки просто раздавливаются вместе.

Предположим, я заинтересован в конкретных групп кластера

Теперь я знаю, что мы можем использовать cutree, чтобы срубить дерево, например, в результате hclust, на несколько групп, указав нужный номер (ы) групп ,

Но как я могу получить дендрограмму для тех небольших групп кластеров в R отдельно?

Answer 1

Вы можете превратить ваш hclust объект в dendrogram и использовать cut (см ?cut.dendrogram подробности):

hc <- hclust(dist(USArrests), "ave") 
plot(hc) 

## cut at height == 100 
d <- cut(as.dendrogram(hc), h=100) 
## cut returns a list of sub-dendrograms 
d 
#$upper 
#'dendrogram' with 2 branches and 2 members total, at height 152.314 
# 
#$lower 
#$lower[[1]] 
#'dendrogram' with 2 branches and 16 members total, at height 77.60502 

#$lower[[2]] 
#'dendrogram' with 2 branches and 34 members total, at height 89.23209 

par(mfrow=c(1, 2)) 
plot(d$lower[[1]]) 
plot(d$lower[[2]]) 
par(mfrow=c(1, 1))