Проще всего было бы использовать пустой шаблон для создания нового проекта, а затем скопировать каталог www из вашего существующего проекта в www этого пустого проекта шаблона.
Неясно, какой из ваших html-файлов является эквивалентом index.html, но вы можете просто повторно использовать файл index.html, который создается шаблоном в качестве файла index.html и работать оттуда ,
Просто примечание, в целом, сложно создавать многостраничные гибридные приложения (например, ваши, похоже,), если вы собираетесь использовать API, которые реализованы через плагины Cordova. Если вам не нужен какой-либо из API-интерфейсов плагинов Cordova (то есть вы используете только стандартные API-интерфейсы HTML5, встроенные в веб-представление), то вы можете избежать этого. Если вы планируете расширять свое приложение, чтобы использовать плагины Cordova (ядро, XDK или сторонние), вам может потребоваться создать одностраничное приложение.
Другой подход к рассмотрению отображает «другие» страницы с использованием плагина inAppBrowser. Это предполагает, что «другим» страницам не нужен доступ к API-интерфейсам устройств.
Трудно обеспечить точное «вот как это сделать», не имея более глубокого понимания того, как ваше приложение структурировано и где вы собираетесь идти с ним.