Команды работают из сценария Shell, но не из командной строки?

Question

Я быстро искал это перед публикацией, но не нашел похожих сообщений. Дайте мне знать, если они существуют.

---

Выполняемые команды кажутся очень простыми. Список каталогов используется как вход для функции.

Каталог содержит кучу файлов с именем

командной строки версии (Баш работает, когда это выполняется) "epi1_mcf_0 ### nii.gz.":

fslmerge -t output_file `ls epi1_mcf_0*.nii.gz` 

Shell версии сценария :

#!/bin/bash 
fslmerge -t output_file `ls epi1_mcf_0*.nii.gz` 

Ошибка командной строки, но сценарий оболочки работает отлично.

Сообщение об ошибке специфично для функции, но оно включено в любом случае.

** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for 'epi1_mcf_0000.nii.gz' 
** ERROR: nifti_image_open(epi1_mcf_0000.nii.gz): bad header info 
Error: failed to open file epi1_mcf_0000.nii.gz 
Cannot open volume epi1_mcf_0000.nii.gz for reading! 

Я был очень разочарован, с этой проблемой (в меньшей степени, после того, как я понял, что есть способ, чтобы получить команду на работу).

Любая помощь будет оценена по достоинству.

(Или это общее мнение о том, что проблема следует искать в функции «fslmerge»?)

Answer 1

(я говорил об этом в комментарии первый, но я сделаю ответ, так как это помогло!)

Есть ли у вас какие-либо псевдонимы оболочки определены? (Тип alias) Это повлияет на команды, введенные в командной строке, но не на скрипты.

Linux часто имеет ls, определяемый как ls --color. Это может повлиять на выход, поскольку цветовые коды отправляются в качестве управляющих кодов через обычный выходной поток. Если вы используете ls --color=auto, он автоматически определит, является ли его вывод терминалом или нет. От man ls:

По умолчанию цвет не используется для различения типов файлов. То есть эквивалентно использованию --color=none. Использование опции --color без опции необязательный аргумент WHEN эквивалентен использованию --color=always. С --color=auto цветовые коды выводятся, только если стандартный выход подключен к терминалу (tty).

Answer 2

`ls epi1_mcf_0*.nii.gz` лучше написано как просто epi1_mcf_0*.nii.gz. Как и в:

fslmerge -t output_file epi1_mcf_0*.nii.gz 

`ls` не добавляет ничего.

^{Примечание: Отправленный как ответ вместо комментария. Анализатор комментариев Markdown-lite забился на моей разметке `` `ls epi1_mcf_0*.nii.gz` ``.}