Провел хороший кусок вечера, пытаясь понять это, поэтому, надеюсь, это когда-нибудь поможет кому-то еще.
Другая ошибка, которую я хотел бы получить много как я возился с этим вопросом является:
Unexpected remote arg: C:/Program Files (x86)/Git/cygdrive/c/Users
И так как я заметил, что это лишь развела ошибки из сценария оболочки, а не из командной строки, я был в состоянии чтобы определить, что он отлично работает с окнами без cygwin (cmd.exe), он просто запускался из bash, где у него были проблемы.
Большинство проблем, с которыми я столкнулся, были связаны с цитатой и что-то странное, с тем, что у меня было для источника. Я попытался использовать такой путь, как «/ cygdrive/d/backup_dir», но это как-то превратилось или интерпретировалось как «C:/Program Files (x86)/Git/cygdrive/d/backup_dir», что вызвало ошибки. Это не было проблемой после того, как я переключился на относительные пути без «cygdrive». Я использую cmder, возможно, это вызвало это?
В любом случае, окончательное решение было опустить часть «cygdrive» и использовать относительный путь. Кроме того, не переусердствуйте с котировками «».