Я сделал воспроизводимый пример, где у меня возникают проблемы с pvclust. Моя цель - выбрать идеальные кластеры в дендограмме иерархического кластера. Я слышал о «pvclust», но не могу понять, как его использовать. Кроме того, если у кого-то есть другие предложения, кроме этого, чтобы определить идеальные кластеры, это будет действительно полезно.Иерархическая кластеризация в R - 'pvclust' Проблемы
Мой код предоставлен.
library(pvclust)
employee<- c('A','B','C','D','E','F','G','H','I',
'J','K','L','M','N','O','P',
'Q','R','S','T',
'U','V','W','X','Y','Z')
salary<-c(20,30,40,50,20,40,23,05,56,23,15,43,53,65,67,23,12,14,35,11,10,56,78,23,43,56)
testing90<-cbind(employee,salary)
testing90<-as.data.frame(testing90)
head(testing90)
testing90$salary<-as.numeric(testing90$salary)
row.names(testing90)<-testing90$employee
testing91<-data.frame(testing90[,-1])
head(testing91)
row.names(testing91)<-testing90$employee
d<-dist(as.matrix(testing91))
hc<-hclust(d,method = "ward.D2")
hc
plot(hc)
par(cex=0.6, mar=c(5, 8, 4, 1))
plot(hc, xlab="", ylab="", main="", sub="", axes=FALSE)
par(cex=1)
title(xlab="Publishers", main="Hierarchal Cluster of Publishers by eCPM")
axis(2)
fit<-pvclust(d, method.hclust="ward.D2", nboot=1000, method.dist="eucl")
ошибка пришла заявив:
Error in names(edges.cnt) <- paste("r", 1:rl, sep = "") :
'names' attribute [2] must be the same length as the vector [0]
Вы могли бы указать библиотеки, которые используете в своей MRE? – erasmortg
только что добавил библиотеку (pvclust) @erasmortg – analytics
Hi @analytics, следуя полученному вами ответу, я упомянул, что если вы также хотите визуализировать результаты, вы можете обратиться к следующему: https: //cran.r-project .org/web/packages/dendextend/vignettes/introduction.html # документация pvclust из пакета dendextend R: –