PDB BioPython - извлечение координат

Question

Я новичок в Python, есть ли какая-либо функция в BioPython для вычисления вектора атома, заданного PDB-файлом, передавая координаты в качестве входных данных?

[OR]

Есть функция BioPython извлечь координаты отдельно от PDB файла?

Answer 1

Существует такой метод для атомов, и, как ни странно, это называется get_vector().

from Bio.PDB import PDBParser 


p = PDBParser() 
s = p.get_structure("4K5Y", "4K5Y.pdb")      

for chains in s: 
    for chain in chains: 
     for residue in chain:        
      for atom in residue: 
       print(atom.get_vector()) 

После этого у вас есть какие-то методы, доступные для каждого объекта Vector документированного here