У меня есть папка, заполненная структурами DICOM. Он начинается с DICOMDIR и продолжается оттуда.Папка dataset DICOM для файла .dcm
Я хочу инкапсулировать это как один .dcm-файл для простого обмена и загрузки. Кто-нибудь знает как это сделать? Инструменты, которые используют pydicom, dcm4chee2 toolkit или DCMTK, предпочтительнее, поскольку у меня уже есть эти вещи, установленные и функциональные.
Заранее спасибо. :)
К сожалению, DICOM структурирован таким образом, что это более чем возможно. Во-первых, как вы знаете, DICOMDIR является файлом каталога DICOM и должен находиться в корневом каталоге DICOM Media, таком как DICOM CD или DVD. DICOMDIR содержит ссылки на все другие файлы, содержащиеся на носителе. Типичный просмотрщик/читатель DICOM будет смотреть на DICOMDIR, чтобы найти местоположение и содержимое других файлов на носителе, отобразить содержимое для пользователя, а затем загрузить/просмотреть соответствующие файлы, выбранные пользователем.
Информационная модель DICOM сама по себе является иерархической. Уровнями модели являются уровень Patient, Study, Series и Image/Instance. IE, пациент имеет 1..N исследования, исследование имеет 1..N Series, а серия имеет 1..N images/экземпляры. Файл DICOMDIR восстанавливает эту иерархию для всех экземпляров, содержащихся на части носителя. Файлы DICOM сами находятся на уровне экземпляра.
Таким образом, основная причина, по которой вы не можете объединить файлы в один файл dcm, состоит в том, что в вашем каталоге файлов могут быть ссылки на изображения нескольких пациентов/исследований/серий, которые не могут быть закодированы в DICOM в одном файле.
Единственный способ, которым вы могли бы объединить файлы в один файл, будет, если все изображения/файлы, на которые ссылается DICOMDIR, содержались в одной серии. Существует несколько классов DICOM SOP (классы классов служебных объектов), которые позволяют создавать многокадровые изображения. Если тип изображений, на которые ссылаются поддерживаемые многокадровые данные и которые были в одной серии, вы могли бы объединить изображения вместе в один файл. Скорее всего, это не так.
В качестве окончательного FYI файлы, содержащиеся на носителях DICOM, не имеют на них расширения «.dcm».
DICOM является двоичным форматом и может иметь множество кодировок (Litte и Big Endian, ...). dcmdump и dump2dcm могут использоваться только для преобразования двоичного файла в более удобный для чтения формат и обратно.
Похоже, что эта программа может делать то, что вы просите. У него есть функция «Сканировать DICOMDIR», и сайт говорит, что вы можете объединить несколько фрагментов в отдельные файлы мультиспиров. http://www.xinapse.com/Manual/converter.html
Поскольку вы упоминаете, что у вас есть DICOMDIR, почему бы не создать носитель на диске? Это полностью определено в стандарте DICOM, просто выполните, например, «Общий обмен CD-R (STD-GEN-CD)».
Кто-нибудь, отвечающий за это? Я пробовал dcmdump и dump2dcm, но это «не подходит для DICOM с пиксельными данными», что почти все, что у меня есть. Вы можете исправить? – jeffcook2150