DICOM Сжатие файлов

Question

Для моей работы требуется использование файлов DICOM. Каждый файл DICOM составляет много .dcm файлов в одном каталоге. Мне необходимо отправить эти файлы по сети, что несколько связано с огромным размером файлов. Я также программист, и мне было интересно, что является идеальным способом сжать такие файлы? Я говорю о сжатии, которое будет производиться на локальном компьютере, а затем декомпрессировано на конечном компьютере (а именно, сжатие предназначено исключительно для ускорения передачи данных по сети). Есть ли простой способ обрезать файлы DICOM? (файлы содержат изображение всей головы, тогда как меня интересует только небольшая часть головы).

Спасибо!

Answer 1

Вы можете использовать что-то простое, например, сжатие lzma на одном конце, чтобы упаковать файлы и отправить их. Это самое простое решение, так как вы можете захватить что-то вроде gzip и пакетно распаковывать файлы легко программно. Это может значительно помочь, поскольку современные компьютеры предпочитают передавать/получать один большой файл по многим небольшим файлам (один 1 ГБ файл будет передавать намного быстрее, чем 10000 100 КБ файлов).

Что касается фактического уменьшения суммарного размера, то каждый .dcm-файл, вероятно, является срезом (если вы смотрите на что-то вроде данных MRI или CT), а зритель, который вы используете, реконструирует срезы в трехмерное изображение. Обрезать их невозможно, но разбор формата DICOM немного сложнее. Я не знаю о каких-либо бесплатных программах, которые помогут вам разобрать файлы DICOM, но я не искал какое-то время.

Поскольку DICOM представляет собой формат контейнера, данные изображений, которые вы используете, обычно хранятся в общем формате (например, JPEG), поэтому, если вы можете захватить соответствующую часть файла для извлечения данных изображения, вы может использовать любую из загрузок инструментов обработки изображений, доступных для обрезки изображения по любым параметрам, которые вы выберете.

Answer 2

В медицинском контексте сжатие с потерями находится где-то между не поощряемым и запрещенным. Если вы настаиваете на обрезке существующих наборов данных, стандарт требует, чтобы вы сформировали хотя бы новое изображение & UID. Стандарт позволяет без потерь сжатие в виде jpeg2000, но это довольно редко - если бы мне пришлось делать ставки, я бы сказал, что ваш набор данных несжатый вообще.

По моему опыту значительно лучше сжать медицинский набор данных в виде сплошного архива, то есть объединить все изображения в один поток. Это имеет большой смысл, поскольку, как правило, существует много сходства между соседними изображениями и , это - это способ использовать это сходство (унифицированный словарь сжатия). Это доступно как опция командной строки как для rar, так и для gzip-компрессоров.

Answer 3

Решение:

gdcmconv --jpeg uncompressed.dcm compressed.dcm 

или для лучшей степени сжатия:

gdcmconv --jpegls uncompressed.dcm compressed.dcm 

См: http://gdcm.sourceforge.net/html/gdcmconv.html

Я хотел бы также рекомендовать против сжатия с потерями, вы должны были бы быть волшебником DICOM для правильной работы (см. механизм деривации в стандарте DICOM). Я бы также рекомендовал не обрезать изображение (вам нужно будет восстановить UID, обновить Frame или Reference ...)

НТН

Answer 4

У нас есть маршрутизатор сжатия под названием «DICOM Shrinkinator», который может сделать это, как он передает это исследование PACS:

http://fluxinc.ca/medical/dicom-shrinkinator/