Как создать цикл в Bash для поиска группы файлов .gz

Question

Я работаю над OS X El Capitan V10.11.3.

Мне удалось заставить синтаксис работать с тестовыми файлами, но мне тяжело использовать его в группе из .gz-файлов.

Работал на тестовых файлов:

#!/bin/bash 
while read p; do 
    grep $p test2.txt>> final.txt 
done <test3.txt 

Я пытаюсь написать цикл для поиска более 30 .gz файлов, используя список из SNP, в файле «test3.txt»

#!/bin/bash 
while read p; do 
grep $p zcat chunk?-chr*.imputed.info.gz >> Final.txt 
done <test3.txt 

.

файл test3.txt имеет 1 SNP, который представлен в .gz файлов. Когда я запускаю выше синтаксис создает файл proxy_imputed.txt, но не тянет SNP.

Любые мысли?

Answer 1

Я на той же платформе, но не мог получить свой синтаксис для работы - это, кажется, для достижения желаемого результата (назовем его findstring.sh):

#!/bin/bash 

while read p ; do 
    gzcat *.gz | grep $p >> Final.txt; 
done 

При запуске, как:

./findString.sh < test3.txt 

Не уверен, что я на правильном пути, но, похоже, работает. Примечание. Мне нужно было использовать gzcat для чтения gzipped-файлов, zcat искал * .Z