Почему я не могу использовать функцию read.affybatch() в biocLite («affy») с помощью RStudio?

Question

У меня есть некоторые данные Affymetrix, которые я хотел бы открыть, используя команду read.affybatch() в affy. Я скачал biocLite и affy пакеты без проблем, но как только я пытаюсь читать мои .CEL файлы, используя команду чтения он приходит со следующей проблемой:

Library - package hgu133acdf not installed 
Library - package hgu133acdf not installed 
In addition: Warning messages: 
1: In read.affybatch(filenames = "MonoHypo_U133A_04_12_03.CEL", "MonoC_U133A_04_12_03.CEL", : 
    Incompatible phenoData object. Created a new one. 

2: running command '"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Program Files\R\R-3.3.2\library" C:\windows\TEMP\RtmpKKBTXV/downloaded_packages/hgu133acdf_2.18.0.tar.gz' had status 1 
3: In install.packages(cdfname, lib = lib, repos = biocinstallRepos(), : 
    installation of package ‘hgu133acdf’ had non-zero exit status 
4: missing cdf environment! in show(AffyBatch) 
5: running command '"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Program Files\R\R-3.3.2\library" C:\windows\TEMP\RtmpKKBTXV/downloaded_packages/hgu133acdf_2.18.0.tar.gz' had status 1 
6: In install.packages(cdfname, lib = lib, repos = biocinstallRepos(), : 
    installation of package ‘hgu133acdf’ had non-zero exit status 

Таким образом, проблема, кажется, это hgu133acdf пакет, но с помощью команды из BioConductor установить этот пакет, я получаю следующее сообщение об ошибке:

biocLite("hgu133acdf") 
BioC_mirror: https://bioconductor.org 
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31). 
Installing package(s) ‘hgu133acdf’ 
installing the source package ‘hgu133acdf’ 

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.4/data/annotation/src/contrib/hgu133acdf_2.18.0.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 1732200 bytes (1.7 MB) 
downloaded 1.7 MB 

'\\filestore.soton.ac.uk\users\rl1e15\mydocuments\PhD\PhD Year 1 2016-2017\Analysis\In Silico\R\Hypoxia and Normoxia Monocytes' 
CMD.EXE was started with the above path as the current directory. 
UNC paths are not supported. Defaulting to Windows directory. 
ERROR: unable to create 'C:/Program Files/R/R-3.3.2/library/hgu133acdf' 

The downloaded source packages are in 
    ‘C:\Windows\Temp\RtmpKKBTXV\downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: running command '"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Program Files\R\R-3.3.2\library" C:\windows\TEMP\RtmpKKBTXV/downloaded_packages/hgu133acdf_2.18.0.tar.gz' had status 1 
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) : 
    installation of package ‘hgu133acdf’ had non-zero exit status 

Я попытался установить hgu133acdf на мой локальный диск, используя biocLite("hgu133acdf", lib="C:/Program Files/R/R-3.3.2/library") но тот жеПоявляется. Иногда мне говорят, что мне нужно обновить nlme, поэтому я пробую это, но nlme_3.1-130 несовместим с R-3-3-2 или когда я обновляю пакет, он все равно не работает.

Answer 1

Так что если кому-то было любопытно, после нескольких часов работы с R я наконец нашел решение. Поскольку у меня есть рабочий ноутбук, права администратора не разрешаются автоматически, поэтому я устанавливаю безопасность каталога, который все мои пакеты загружают, чтобы разрешить все. Я запустил R в качестве администратора, установил все необходимые пакеты, которые помечались, когда я попробовал команду read.affybatch(), и это сработало!