Я хочу приложить некоторые недостающие данные в таблице и запустить модель Cox на вмененной таблице.Сочетание вмененных данных после модели Cox
Я могу получить вменение для моих данных и модель cox для запуска на вмененных данных, но я не понимаю, как просматривать вывод cox из набора данных, некоторые из значений которого были вменены (т.е. мне особенно нужны коэффициенты опасности и значения P в моем выходе).
команды являются:
>library("mice")
>Table <-read.table("TestTable",stringsAsFactors=TRUE,header=TRUE)
Тогда я убедиться, что мои Релевент переменные факторы (например, когорта может быть 0 или 1, чтобы убедиться, что они рассматриваются как различные категории).
> Table$Cohort <-as.factor(Table$Cohort)
> Table$Sex <-as.factor(Table$Sex)
> Table$Type <-as.factor(Table$Type)
> Table$Grade <-as.factor(Table$Grade)
> Table$Comorbidity <-as.factor(Table$Comorbidity)
> Table$SNP1 <-as.factor(Table$SNP1)
> Table$SNP2 <-as.factor(Table$SNP2)
Тогда я relevel факторы, чтобы сделать модель Кокса легче intepret позже:
>Table$SNP1 <-relevel(Table$SNP1,"WT")
>Table$SNP2 <-relevel(Table$SNP2,"WT")
>Table$Grade <-relevel(Table$Grade,"1")
>Table$Comorbidity <-relevel(Table$Comorbidity,"1")
Тогда я вмененный данных: PolyReg для категориальных данных с более чем двумя уровнями, logreg факторы с 3 уровня.
imp <-mice(Table,maxit=5,seed=12345,me=c("","","","","","","","","","","","polyreg","polyreg","logreg","logreg"))
Тогда я побежал модель Кокса для запуска на вмененный набора данных:
library("survival")
Table$Survival <-as.numeric(Table$Survival)
cox_with_imp <- with(imp,coxph(Surv(Survival,Event)~strata(Cohort) + strata(Grade) + strata(Comorbidity) + factor(SNP1) + factor(SNP2)))
Выход 5 модель Кокса анализа. У меня возникли проблемы с объединением информации. Когда я набираю «pool (cox_with_imp)», он дает мне некоторую статистику. Но я хочу «объединенную» таблицу с значениями HR и P.
Кто-нибудь знает команду, которую я набираю, чтобы объединить 5 моделированных моделей Cox в единую модель Cox с HR и значениями P.
Спасибо.