удалить строки из текстового файла

Question

У меня есть файл с текстовыми строками для нуклеотидов (A, C, G, T). Я хотел бы найти специфические строки из текстового файла и удалить их.

Например:

ACTGGGCTGTCCAACTG  
ACTTCTGGGTCGAACTG  
CCCACTTCTGGGTTCAA 

И я хотел бы удалить из всех строк только эти части ACT и GGG Тогда я получить файл с этой строкой:

CTGTCCAACTG  
TCTTCGAACTG  
CCCTCTTTCAA 

Answer 1

Вы можете попробовать :

awk '{gsub(/ACT|GGG/,"")}1' file 

Answer 2

perl -pe 's/ACT|GGG//g' your_file 

Answer 3

sed может помочь вам:

sed 's/ACT//g; s/GGG//g' inputFile 

т.е. заменить все вхождения ACT и GGG с пустой строкой.

Answer 4

Использование СЭД

sed -r 's/(ACT|GGG)//g' file