пакет не может быть выгружен в R: невозможно установить пакет

Question

Я пытаюсь установить пакет в R, но не могу обойти следующую ошибку.

Что происходит? :(

Я бегу Fedora 20, R 3,2

biocLite("monocle") 
    BioC_mirror: http://bioconductor.org 
    Using Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.5), R version 3.2.0. 
    Installing package(s) 'monocle' 
    trying URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/monocle_1.0.0.tar.gz' 
    Content type 'application/x-gzip' length 332309 bytes (324 KB) 

    downloaded 324 KB 

    installing *source* package ‘monocle’ ... 
    R 
    inst 
    preparing package for lazy loading 
    Error in unloadNamespace(package) : 

    namespace ‘plyr’ is imported by ‘reshape2’, ‘ggplot2’, ‘scales’ so cannot be unloaded 
    Error in library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) : 

    Package ‘plyr’ version 1.8.1 cannot be unloaded 
    ERROR: lazy loading failed for package ‘monocle’ 
    removing ‘/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.2/monocle’ 

Answer 1

выглядит как monocle пытается выгрузить и установить plyr снова, но не могу, потому что другие пакеты именно ggplot2, scales и reshape2 имеет зависимость от plyr. Пожалуйста, удалить эти пакеты с помощью

remove.packages("ggplot2") 
remove.packages("reshape2") 
remove.packages("scales") 

и, наконец,

remove.packages("plyr") 

попробуйте установить monocle снова сейчас.

Monocle делает, зависит от plyr

В зависимости R (> = 2.7.0), HSMMSingleCell (> = 0.101.5), Biobase, ggplot2 (> = 0.9.3.1), шлицы, VGAM (> = 0.9-5), igraph (> = 0.7.0), plyr

на monocle Главная http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html