2016-11-18 2 views
4

Я пытаюсь установить пакет «XML» в r, но возникает ошибка.
Пожалуйста, скажите мне, что случилось.Не удается установить пакет XML в r

ОС: OS X 10.11.6
R версия:. 3.3.2
Сообщение об ошибке при выполнении "install.packages (" XML ") состоит в следующем

* installing *source* package ‘XML’ ... 
** package ‘XML’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
checking for gcc... gcc 
checking for C compiler default output file name... a.out 
checking whether the C compiler works... yes 
checking whether we are cross compiling... no 
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o 
checking whether we are using the GNU C compiler... yes 
checking whether gcc accepts -g... yes 
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed 
checking how to run the C preprocessor... gcc -E 
checking for sed... /usr/bin/sed 
checking for pkg-config... /usr/local/bin/pkg-config 
checking for xml2-config... /usr/bin/xml2-config 
USE_XML2 = yes 
SED_EXTENDED_ARG: -E 
Minor 9, Patch 2 for 2.9.2 
Located parser file -I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.12.sdk/usr/include/libxml2/parser.h 
Checking for 1.8: -I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.12.sdk/usr/include/libxml2 
Using libxml2.* 
checking for gzopen in -lz... yes 
checking for xmlParseFile in -lxml2... no 
checking for xmlParseFile in -lxml... no 
configure: error: "libxml not found" 
ERROR: configuration failed for package ‘XML’ 

И я поставил LIBXML_INCDIR =/USR/местные/Подвал/libxml2/2.9.4, и попытался снова.
Тогда возникает другая ошибка.

* installing *source* package ‘XML’ ... 
** package ‘XML’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
checking for gcc... gcc 
checking for C compiler default output file name... a.out 
checking whether the C compiler works... yes 
checking whether we are cross compiling... no 
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o 
checking whether we are using the GNU C compiler... yes 
checking whether gcc accepts -g... yes 
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed 
checking how to run the C preprocessor... gcc -E 
checking for sed... /usr/bin/sed 
checking for pkg-config... /usr/local/bin/pkg-config 
Checking directory of LIBXML_INCDIR 
You specified LIBXML_INCDIR, but we couldn't find parser.h 
Please specify it correctly and re-run the INSTALL'ation. 
ERROR: configuration failed for package ‘XML’ 

также попытался с LIBXML_INCDIR =/USR/местные/Подвал/libxml2/2. 9.4/include
Результат был таким же, как указано выше.

С уважением

+0

Похоже, что проблема не связана с 'LIBXML_INCDIR', но что файл общей библиотеки не найден. В первой попытке 'parser.h' находится, когда вы оставили это неуказанное:' Расположен файл парсера -I/Applications/Xcode.app/[...] '. – nrussell

+0

Спасибо за ваш комментарий. Я предполагаю, что LIBXML_INCDIR не проблема в первой попытке, но я не имею никакого представления об этом решении, поэтому я попробовал его только потому, что LIBXML_INCDIR, как говорят, связан с libxml на некоторых веб-страницах. Пожалуйста, извините, что мне не объяснили. – Ken

+1

Попробуйте запустить ссылку «brew link libxml2» с терминала и затем переустановить пакет R. – nrussell

ответ

0

Вместо того, чтобы принуждать увязку версии libxml2 от самогона, вы можете редактировать файл $HOME/.R/Makevars включать:

CC=clang -isysroot /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.13.sdk CXX=clang++ -isysroot /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.13.sdk

Редактировать версию SDK (т.е. MacOSX10.13 в выше пример) в соответствии с установленной вами версией. См. https://forums.developer.apple.com/thread/87829 для (минимального) объяснения.

2

Это работает для меня в Mac OS X 10.11:

В терминале:

type xml2-config 
xml2-config is /opt/local/bin/xml2-config 

В R:

Sys.setenv(XML_CONFIG="/opt/local/bin/xml2-config") 
+0

У меня была проблема с Mac OS X 10.12, и я использовал Homebrew. Моя xml2-config была в '/ usr/local/Cellar/libxml2/2.9.7/bin/xml2-config' –

Смежные вопросы