R plot 2 axis multiple plot

Question

Я пытаюсь создать очень конкретный графический вывод и не могу найти пакет, который может делать все, что я ищу. Прежде всего, мне нужно: (1) Произвести несколько графиков (facet_wrap в ggplot отлично работает) (2) Имеют 2 оси y с различными шкалами (решетка кажется лучшим для этого) (3) Создайте график, похожий на вывод из «графика» с использованием dplR

У меня есть кадр данных с несколькими уникальными сайтами. Я хотел бы рассчитать среднегодовое значение каждого сайта в виде линейного графика, а второй график линии - на другой оси y, представляющей глубину выборки. Я хотел бы создать отдельный сюжет для каждого сайта.

Ниже некоторые воспроизводимые данные (небольшое подмножество), и то, что я пришел с до сих пор:

> sites <- structure(list(Year = c("2009", "2009", "2009", "2009", "2009", 
"2009", "2009", "2009", "2009", "2009", "2009", "2009", "2009", 
"2009", "2009", "2009", "2009", "2009", "2009", "2009", "2009", 
"2010", "2010", "2010", "2010", "2010", "2010", "2010", "2010", 
"2010", "2010", "2010", "2010", "2010", "2010", "2010", "2010", 
"2010", "2010", "2010", "2010", "2010", "2010", "2010", "2010", 
"2011", "2011", "2011", "2011", "2011", "2011", "2011", "2011", 
"2011", "2011", "2011", "2011", "2011", "2011", "2011", "2011", 
"2011", "2011", "2011", "2011", "2011", "2011", "2012", "2012", 
"2012"), plot = c("FA6", "FA7", "FK1", "FK2", "FK3", "FO1", "FO2", 
"FO6", "GA2", "GA4", "GR1", "GR2", "HE2", "HE3", "LY1", "LY3", 
"LY8", "NM2", "NM3", "TH3", "TH5", "BR1", "BR8", "FA5", "FA6", 
"FA7", "FK1", "FK2", "FK3", "FO1", "FO2", "FO6", "GA2", "GA4", 
"GR1", "GR2", "HE2", "HE3", "LY1", "LY3", "LY8", "NM2", "NM3", 
"TH3", "TH5", "FA5", "FA6", "FA7", "FK1", "FK2", "FK3", "FO1", 
"FO2", "FO6", "GA2", "GA4", "GR1", "GR2", "HE2", "HE3", "LY1", 
"LY3", "LY8", "NM2", "NM3", "TH3", "TH5", "HE2", "HE3", "TH5" 
), AvgRW = c(0.628666666666667, 0.485027777777778, 0.479269230769231, 
0.826875, 0.633269230769231, 1.01830769230769, 1.34580555555556, 
1.13061764705882, 0.422375, 1.377625, 0.535375, 0.366384615384615, 
0.493119047619048, 0.300777777777778, 0.971923076923077, 1.02302941176471, 
1.47245833333333, 1.00654166666667, 0.56425, 1.66342857142857, 
1.28477586206897, 0.860666666666667, 2.10155130769231, 1.74626923076923, 
0.616148148148148, 0.42775, 0.402576923076923, 0.859333333333333, 
0.608961538461538, 1.28303846153846, 1.84344444444444, 1.52214705882353, 
0.425546875, 1.66179166666667, 0.647208333333333, 0.390461538461538, 
0.565892857142857, 0.237388888888889, 1.60419230769231, 1.16611764705882, 
1.95329166666667, 1.18795833333333, 0.655928571428571, 2.009, 
1.36198275862069, 2.61165384615385, 0.873296296296296, 0.596, 
0.485884615384615, 1.13633333333333, 0.684461538461538, 1.30946153846154, 
1.69747222222222, 1.64197058823529, 0.40740625, 1.40716666666667, 
0.641625, 0.428576923076923, 0.729011904761905, 0.376222222222222, 
1.52984615384615, 1.15317647058824, 1.66183333333333, 1.17904166666667, 
0.604857142857143, 1.57425, 1.55772222222222, 0.7315, 0.119, 
1.125875), SampDepth = c(27L, 18L, 13L, 12L, 13L, 13L, 18L, 17L, 
32L, 12L, 12L, 13L, 14L, 18L, 13L, 17L, 12L, 12L, 14L, 14L, 29L, 
21L, 13L, 13L, 27L, 18L, 13L, 12L, 13L, 13L, 18L, 17L, 32L, 12L, 
12L, 13L, 14L, 18L, 13L, 17L, 12L, 12L, 14L, 14L, 29L, 13L, 27L, 
18L, 13L, 12L, 13L, 13L, 18L, 17L, 32L, 12L, 12L, 13L, 14L, 18L, 
13L, 17L, 12L, 12L, 14L, 4L, 9L, 2L, 1L, 8L)), .Names = c("Year", 
"plot", "AvgRW", "SampDepth"), row.names = 2330:2399, class = "data.frame") 

я могу получить большой макет с помощью ggplot и ggplus, но не могу показаться, чтобы добавить вторая ось у:

Plot1 <- ggplot(sites,aes(x=Year, y=AvgRW, group=plot)) + 
    theme(axis.text=element_text(size=4), 
      panel.grid.minor=element_blank(), 
      panel.grid.major=element_line(colour = "gray",size=0.5), 
      strip.text=element_text(size=8)) + 
    geom_line() 

facet_multiple(plot = Plot1, facets = 'plot', ncol = 1, nrow = 1, scales="free") 

Тогда я попробовал делать doubleYplot с решеткой и latticeExtra, но я не могу получить линии появляться:

Plot2a <- xyplot(AvgRW ~ Year, data=sites, groups=plot, 
       xlab=list("Year", fontsize = 12), 
       ylab = list("Avg RW (mm)", fontsize = 12), 
       ylab.right = list("Sample Depth", fontsize = 12), 
       par.settings = simpleTheme(col = 1), 
       type = c("l","g"), 
       lty=1, 
       scales=list(x=list(rot=90,tick.number=25, 
           cex=1,axs="r"))) 

> Plot2b <- xyplot(SampDepth ~ Year,data=sites, groups=plot, type = "o",col="black", 
       lty=9) 

> doubleYScale(Plot2a, Plot2b) 

Моя конечная цель состоит в том, чтобы произвести график, который похож на выход dplR, для каждого сайта в моем data.frame:

Любые идеи о том, как объединить свои три цели был бы весьма признателен.

Answer 1

ggplot2 не поддерживает вторичную ось y, потому что его создатель полагает, что это может ввести в заблуждение. Тем не менее, вы можете сделать это с помощью base R. Вот цикл, который решает ваши проблемы: несколько графиков в цикле, вторичная ось y, аналогичный взгляд на прикрепленный сюжет. Я предположил, что вы в Windows и включил код для сохранения каждой диаграммы в каталоге/temp с помощью savePlot.

for (i in sites$plot){       #start loop 
par(mar=c(5.1,4.1,4.1,5.1))      #increase right margin 
plot(sites[sites$plot==i,c(1,3)],xaxt="n", type="l", ylab="Avg RW") 
title(main=i,line=2.5)        #add title 
axis(1,at=as.integer(sites$Year),labels=sites$Year) #bottom axis 
axis(3,at=as.integer(sites$Year),labels=sites$Year) #top axis 
par(new = TRUE)          #overlay for secondary y 
plot(sites[sites$plot==i,c(1,4)],xaxt="n",yaxt="n", ylab="",type="l", col="red") 
axis(4)            #add secondary y axis 
mtext("Sample Depth", side = 4, line=2)    #add secondary y label 
savePlot(filename = paste0("c:/temp/",i, ".png"), type = "png") # save 
} 

UPDATE Если вы не на Windows, вы не можете использовать savePlot. Используйте обычную функцию png. Вы не увидите графики на экране, но они будут сохранены. Не забудьте изменить путь к тому, где вы хотите сохранить диаграммы. Я использую c:/temp/ в следующем коде, который не будет работать на машинах без окон.

for (i in sites$plot){       #start loop 
png(filename = paste0("c:/temp/",i, ".png")) # save 
par(mar=c(5.1,4.1,4.1,5.1))      #increase right margin 
plot(sites[sites$plot==i,c(1,3)],xaxt="n", type="l", ylab="Avg RW") 
title(main=i,line=2.5)        #add title 
axis(1,at=as.integer(sites$Year),labels=sites$Year) #bottom axis 
axis(3,at=as.integer(sites$Year),labels=sites$Year) #top axis 
par(new = TRUE)          #overlay for secondary y 
plot(sites[sites$plot==i,c(1,4)],xaxt="n",yaxt="n", ylab="",type="l", col="red") 
axis(4)            #add secondary y axis 
mtext("Sample Depth", side = 4, line=2)    #add secondary y label 
dev.off() 
}