отображение общих имен в двух разных наборах данных

У меня есть два кадра данных. Я хочу узнать альтернативные имена генов для каждого гена в dataframe_1, сравнив его с dataframe_2.отображение общих имен в двух разных наборах данных

data_frame_1 

    chr start end  CNA  Genes  No.of.Gene 
    1 13991 1401 gain Cfh,Gm26048  2 
    1 14011 1490 gain Zfp788,Rik  2 

data.frame_2 

Associated_Gene_Name Chromosome_Name Gene_Start Gene_End Associated_Gene_Name_1 Chromosome_Name_1 Gene_Start_1 Gene_End_1 
Cfh      1    13900 14100    CFH   3     43900  54100 
Gm26048     1    13998 14010    TFE   1     76710  76790 
Zfp788     2    43970 44180    ELF    4     131950 133100 
Rik      3    202100 202600    RIK   5     881100 1036800 


data_frame_result 

    chr start end  CNA  Genes  No.of.Gene Associated.Gene.name_1 
    1 13991 1401 gain Cfh,Gm26048  2   CFH,TFE 
    1 14011 1490 gain Zfp788,Rik  2   ELF,RIK

источник

2015-04-10 beginner

'слияния (data_frame_1, data_frame_2, by.x = "гены", by.y = "Genes_1", все = TRUE) '. – eipi10

'all = TRUE' будет хранить все строки из обоих фреймов данных, независимо от того, имеет ли они соответствие в другом кадре данных. Если вам нужны только строки, присутствующие в обоих кадрах данных, тогда удалите 'all = TRUE' (по умолчанию FALSE). – eipi10

@eipi не работает. – beginner

Имея несколько значений, разделенных запятыми, действительно делает вещи беспорядочными. Вот цепочка, которая «нормализует» данные, чтобы сделать одно значение для каждой строки, чтобы вы могли выполнить стандартное слияние. Я использую библиотеку magrittr цепи команды

#test data 
data_frame_1<-data.frame(
    Genes=c("Cfh,Gm26048","Gm5852,Gm5773","Elf","Ttn") 
) 

data_frame_2<-data.frame(
    Genes_1=c("Cfh","Gm26048","Gm5852","Gm5773","Elf","Ttn"), 
    Alternate_Gene_name = c("CFH","FGFR","NAA","TFE","ELF","TTN") 
) 


library(magrittr) 

idxstack <- function(x, idx=if(!is.null(names(x))) {names(x)} else {seq_along(x)}) 
    do.call(rbind, Map(function(a,b) cbind.data.frame(idx=a,val=b), idx, x)) 

as.character(data_frame_1$Genes) %>% 
    {setNames(strsplit(., , split=","), .)} %>% 
    idxstack %>% 
    merge(data_frame_2, by.x="val", by.y="Genes_1", all.x=TRUE) %>% 
    aggregate(Alternate_Gene_name~idx, ., paste0, collapse=",") %>% 
    merge(data_frame_1,., by.x="Genes", by.y="idx")

который возвращает

  Genes Alternate_Gene_name 
1 Cfh,Gm26048   CFH,FGFR 
2   Elf     ELF 
3 Gm5852,Gm5773    TFE,NAA 
4   Ttn     TTN

источник

2015-04-10 20:41:06 MrFlick

отображение общих имен в двух разных наборах данных

ответ

Смежные вопросы