R Bioconductor: topGO Не устанавливается

Я только что закончил загрузку R и RStudios для использования с Ubuntu 14.04. У меня версия R 3.0.2. Я пытаюсь установить пакет Bioconductor topGO с помощью RStudio. Я использовал источник кода (: http://bioconductor.org/biocLite.R) и получил сообщение: «Bioconductor version 2.13 .... более новая версия Bioconductor доступна после установки новой версии R»R Bioconductor: topGO Не устанавливается

Так что я удалил R с моего компьютера и повторно .. -установлен это я думаю, что у меня есть самая новая версия R версии 3.0.2 Я побежал biocLite («BiocUpgrade») на этом новом downmload из R и получил сообщение об ошибке:

BioC_mirror: http://bioconductor.org 
Using Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.12.1), R 
    version 3.0.2. 
Warning messages: 
1: Bioconductor version 2.13 is the latest available for R 
    version 3.0.0 
2: installed directory not writable, cannot update packages 
    'boot', 'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign', 
    'KernSmooth', 'lattice', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'nnet', 
    'rpart', 'spatial', 'survival'

Я не имею ни малейшего понятия, что это значит, что я просто попытался загрузить topGO с помощью biocLite («topGO»). Он начинает загружаться, но затем останавливается и дает сообщение об ошибке:

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'GO.db', details: 
    call: match.arg(synchronous, c("off", "normal", "full")) 
    error: 'arg' must be NULL or a character vector 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/home/sprout/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/GO.db’ 
ERROR: dependency ‘GO.db’ is not available for package ‘topGO’ 
* removing ‘/home/sprout/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/topGO’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpqFXYZT/downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘GO.db’ had non-zero exit status 
2: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘topGO’ had non-zero exit status 
3: installed directory not writable, cannot update packages 'boot', 'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign', 'KernSmooth', 
    'lattice', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'nnet', 'rpart', 'spatial', 'survival'

Любые мысли? Спасибо вам за помощь!

источник

2015-08-14 kevluv93

Ненавижу это, что я набираю в терминал, чтобы получить этот последний пакет R? Я пытаюсь deb https://cran.cnr.Berkeley.edu/bin/linux/ubuntu яркий/но он говорит, что команда «deb» не существует – kevluv93

Если у вас есть ubuntu 14.04, я предлагаю вам отредактировать файл/etc/apt/sources.list и добавьте строку 'deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty /' в конце, при условии, что вы можете читать/записывать файл. – RHertel

Как только это будет сделано, вы можете перейти к 'sudo apt-get update', за которым следует' sudo apt-get install r-base' и 'sudo apt-get install r-base-dev'. – RHertel

У вас нет последней версии R на вашем компьютере. Для нескольких пакетов требуется более новая версия. Я предлагаю вам следовать инструкциям в https://cran.r-project.org/ о том, как установить последнюю версию R (которая в настоящее время v3.2.1), и повторите попытку.

источник

2015-08-14 17:36:22 RHertel

проблема: установлен каталог не доступен для записи, не могут обновлять пакеты 'загрузки', 'класс', 'кластер', 'codetools', 'иностранный', 'KernSmooth', 'решетки', 'Матрица', «mgcv », 'nlme', 'Nnet', 'rpart', 'пространственный', 'выживание'

решение: Выполнить R как пользователь корня в Терминале

1, Sudo R 2, biocLite (» BiocUpgrade ") 3, вариант обновления: (тип) a

источник

2017-02-01 21:57:39

R Bioconductor: topGO Не устанавливается

ответ

Смежные вопросы