Версия R и R R Bioconductor

Question

Привет всем Я в настоящее время запущен R 3.0.2 на сервере debian с Bioconductor v2.13. Мой вопрос прост, хотя поиск через Интернет не дал мне четкого ответа:

Как я могу отказаться от R 3.0.2. до R 2-15?

Учитывая, что я держу R 3.0.2, как я могу понизить Bioconductor до v2.12?

Спасибо заранее,

Answer 1

Как правило, Bioconductor предназначена для работы с конкретными версиями R, так что нет никаких гарантий, связанных с использованием старых версий Bioconductor (или любого пакета R) с новыми версиями R. Лучше задавать вопросы о пакетах Bioconductor на Bioconductor mailing list. Вероятно, вы говорите, что есть некоторые проблемы с вашей текущей установкой Bioconductor, и то, что вам было бы лучше, это исправление проблемы.

Проверьте LibPath installed.packages() и сравните с выводом .libPaths(). У меня есть

> head(installed.packages()[,"LibPath"], 1) 
                affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0" 
> .libPaths() 
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0" 
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library" 

Хорошие новости! Все мои пакеты Bioc находятся в определенной библиотеке. Тогда я мог бы организовать (см ?.libPaths), чтобы начать R с .libPaths указывая на новое место для Bioc 2.12 пакетов, например,

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R 

затем явно установить версию пакета BiocInstaller я хочу использовать, например,

install.packages("BiocInstaller", 
    repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc") 

и library(BiocInstaller); biocLite() как обычно.

Если были установлены мои Bioconductor пакеты в R домашней директории, то я бы remove.packages() вместо установки .libPaths(), или я бы запустить BiocInstaller::biocValid() и следуйте инструкциям для возвращаясь «слишком новых» пакетов.