Вчера вечером я обновил свой компьютер до Ubuntu 16.04. Сегодня я не могу создать R-ноутбуки в Jupyter. Раньше я мог работать в R в Jupyter.обнаружение стека обнаружено в приложении R после обновления Ubuntu
Первой ошибкой, которую я исправил, была какая-то проблема с библиотекой zmq R. Ядро продолжало останавливаться:
[I 14:41:28.584 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5)
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rzmq/libs/rzmq.so':
libzmq.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted
Я загрузил и установил rzmq, и эта проблема исчезла.
Теперь я вижу эту ошибку:
[I 14:55:40.860 NotebookApp] Kernel started: 98fbc635-6ba4-4e99-88aa-85e49c6e8e8b
*** stack smashing detected ***: /usr/lib/R/bin/exec/R terminated
[I 14:55:43.860 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5)
[W 14:55:50.897 NotebookApp] Timeout waiting for kernel_info reply from 98fbc635-6ba4-4e99-88aa-85e49c6e8e8b
*** stack smashing detected ***: /usr/lib/R/bin/exec/R terminated
Есть ли какая-то коррупция в R исполняемым? Я попытался переустановить R:
sudo apt-get install --reinstall r-base r-base-dev
Не изменилось ни одной вещи.
При запуске R из командной строки она работает нормально, но потом я заметил:
[email protected]:~/Projects/learning/introduction_to_statistical_learning$ which R
/usr/bin/R
Какой другой путь из исполняемого jupyter использует.
Обратите внимание, что jupyter работает через мою анаконды установить и что я новичок в R.
Как заставить это работать снова?
EDIT:
Я нашел это:
https://github.com/conda/conda-recipes/issues/558
Что предполагает, что есть некоторые проблемы с Конда и ССЗ. Однако неясно, как это исправить.
Так что у вас есть библиотеки ZeroMQ и пакет rzmq установлены? https://cran.r-project.org/web/packages/rzmq/index.html –
У меня есть rzmq intalled и вы можете загрузить эту библиотеку. Я также попытался apt-get установить libzmq-dev и libzmq3-dev, но не устранить проблему. – Jim
Я даже пытался скомпилировать zmq из источника. – Jim