Передача переменных в bowtie из python

Question

Я хочу передать входной файл fasta, хранящийся в переменной, сказать inp_a от python to bowtie и записать вывод в другой out_a. Я хочу использовать os.system («бабочку [опции] inp_a out_a») Можете ли вы помочь мне

Answer 1

Ваш вопрос требует двух вещей, насколько я могу сказать: запись данных на диск, и Вызов внешняя программа из Python. Без более подробных требований, вот что я хотел бы написать:

import subprocess 

data_for_bowtie = "some genome data, lol" 

with open("input.fasta", "wb") as input_file: 
    input_file.write(data_for_bowtie) 

subprocess.call(["bowtie", "input.fasta", "output.something"]) 

Здесь представлены некоторые мелкие детали, которые я предположил. Я предполагаю, что вы имеете в виду bowtie, читающий выравниватель. Я предполагаю, что ваш файл является двоичным, нечитаемым для человека (вот почему это b во втором аргументе open), и я делаю необоснованные предположения о том, как вызвать bowtie в командной строке, m недостаточно мотивированы, чтобы потратить время на его изучение.

Надеюсь, это обеспечивает отправную точку. Удачи!