Толкование интерпретации NMDS от выхода R

Question

Я провел анализ NMDS и построил выход. Тем не менее, я не уверен, как реально сообщать результаты от R. Какие части из следующего выхода имеют наибольшее значение? Полученный граф также показывает две четкие группы, как вы должны описывать эти результаты?

MDS.out 

Call: 
metaMDS(comm = dgge2, distance = "bray") 

global Multidimensional Scaling using monoMDS 

Data:  dgge2 
Distance: bray 

Dimensions: 2 
Stress:  0 
Stress type 1, weak ties 
No convergent solutions - best solution after 20 tries 
Scaling: centring, PC rotation, halfchange scaling 
Species: expanded scores based on ‘dgge2’ 

Answer 1

Я думаю, что лучшая интерпретация - это всего лишь сюжет основного компонента. yOu может использовать plot и text предоставляется пакетом vegan. Здесь я создаю версию ggplot2 (чтобы получить легенду грациозно):

library(vegan) 
library(ggplot2) 
data(dune) 
ord = metaMDS(comm = dune) 
ord_spec <- scores(ord, "spec") 
ord_spec <- cbind.data.frame(ord_spec,label=rownames(ord_spec)) 
ord_sites <- scores(ord, "sites") 
ord_sites <- cbind.data.frame(ord_sites,label=rownames(ord_sites)) 
ggplot(data=ord_spec,aes(x=NMDS1,y=NMDS2)) + 
    geom_text(aes(label=label,col='species')) + 
    geom_text(data=ord_sites,aes(label=label,col='sites')) 

Answer 2

Наиболее важные части информации, что стресс = 0, что означает подгонка полный и есть еще нет сходимости. Это происходит, если у вас есть шесть или меньше наблюдений для двух измерений или у вас есть вырожденные данные. Вы не должны использовать NMDS в этих случаях. Текущие версии веганов выдадут предупреждение с почти нулевым стрессом. Возможно, у вас была устаревшая версия.