CUDA выделения массив строк

Question

Всякий раз, когда я бегу мой сценарий, содержащий эти строки:

char ** gpu_reads; 
    HANDLE_ERROR(cudaMalloc((void **)&gpu_reads, inputDim * sizeof(char *))); 
    for(i=0; i<inputDim; i++) { 
     HANDLE_ERROR(cudaMalloc((void **)&(gpu_reads[i]), (READS_LENGTH + 1) * sizeof(char))); 
    } 
    for(i=0; i<inputDim; i++) { 
     HANDLE_ERROR(cudaMemcpy(gpu_reads[i], reads[i], sizeof(char) * (READS_LENGTH + 1), cudaMemcpyHostToDevice)); 
    } 

Вторая строка возвращает «неизвестная ошибка». Я пробовал разное распределение в моей программе (это был первый), но никто из них не работал.

Цель этих строк просто выделить массив (длины, установленных пользователем, с помощью переменной inputDim строк (фиксированной длины).

Я пробовал различные версии (то есть, используя только 3 указатели, 1 указатель ...), но никто не похоже на работу ...

Любые идеи?

полный код доступен на моем GitHub repository, где многие выделения сделаны.

Answer 1

Что вы пытаетесь do не может работать, потому что ваш код пытается получить доступ к памяти, которую вы выделили на устройстве с хоста. Вы не можете получить доступ к элементам gpu_reads на хосте, поскольку это не допустимое распределение памяти хоста.

Сделайте что-нибудь, как это вместо:

char ** gpu_reads; 
    char ** gpu_reads_h = new char*[input_dim]; 
    HANDLE_ERROR(cudaMalloc((void **)&gpu_reads, inputDim * sizeof(char *))); 
    for(i=0; i<inputDim; i++) { 
     HANDLE_ERROR(cudaMalloc((void **)&(gpu_reads_h[i]), (READS_LENGTH + 1) * sizeof(char))); 
    } 
    for(i=0; i<inputDim; i++) { 
     HANDLE_ERROR(cudaMemcpy(gpu_reads_h[i], reads[i], sizeof(char) * (READS_LENGTH + 1), cudaMemcpyHostToDevice)); 
    } 

    HANDLE_ERROR(cudaMemcpy(gpu_reads, gpu_reads_h, inputDim * sizeof(char *), cudaMemcpyHostToDevice); 

т.е. построить копию возможного массива устройства указателей в хоста памяти, а затем скопировать его на устройство.