Поймите функцию `Reduce`

Question

У меня вопрос о функции Reduce в R. Я читаю его документацию, но я все еще немного смущен. Итак, у меня есть 5 векторов с именем генов. Например:

v1 <- c("geneA","geneB",""...) 
v2 <- c("geneA","geneC",""...) 
v3 <- c("geneD","geneE",""...) 
v4 <- c("geneA","geneE",""...) 
v5 <- c("geneB","geneC",""...) 

И я хотел бы узнать, какие гены присутствуют, по крайней мере, в двух векторах. Некоторые люди предполагают:

Reduce(intersect,list(a,b,c,d,e)) 

Я был бы весьма признателен, если кто-то может пожалуйста, объясните мне, как работает это утверждение, потому что я видел Снизить использовать в других сценариях. Спасибо!

Answer 1

Reduce принимает двоичную функцию и список элементов данных и последовательно применяет функцию к элементам списка рекурсивным образом. Например:

Reduce(intersect,list(a,b,c)) 

такого же, как

intersect((intersect(a,b),c) 

Однако, я не думаю, что конструкция поможет вам здесь, как он будет возвращать только те элементы, которые являются общими для всех векторов.

Чтобы подсчитать количество векторов, которое появляется ген в вас может сделать следующее:

vlist <- list(v1,v2,v3,v4,v5) 
addmargins(table(gene=unlist(vlist), vec=rep(paste0("v",1:5),times=sapply(vlist,length))),2,list(Count=function(x) sum(x[x>0]))) 
     vec 
gene v1 v2 v3 v4 v5 Count 
    geneA 1 1 0 1 0  3 
    geneB 1 0 0 0 1  2 
    geneC 0 1 0 0 1  2 
    geneD 0 0 1 0 0  1 
    geneE 0 0 1 1 0  2 

Answer 2

Хороший способ видеть, что Reduce() делает это, чтобы запустить его с аргументом accumulate=TRUE. Когда accumulate=TRUE, он вернет вектор или список, в котором каждый элемент показывает свое состояние после обработки первых n элементов списка в x. Вот несколько примеров:

Reduce(`*`, x=list(5,4,3,2), accumulate=TRUE) 
# [1] 5 20 60 120 

i2 <- seq(0,100,by=2) 
i3 <- seq(0,100,by=3) 
i5 <- seq(0,100,by=5) 
Reduce(intersect, x=list(i2,i3,i5), accumulate=TRUE) 
# [[1]] 
# [1] 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 
# [20] 38 40 42 44 46 48 50 52 54 56 58 60 62 64 66 68 70 72 74 
# [39] 76 78 80 82 84 86 88 90 92 94 96 98 100 
# 
# [[2]] 
# [1] 0 6 12 18 24 30 36 42 48 54 60 66 72 78 84 90 96 
# 
# [[3]] 
# [1] 0 30 60 90 

Answer 3

Предполагая, что входные значения, приведенные в конце этого ответа, выражение

Reduce(intersect,list(a,b,c,d,e)) 
## character(0) 

дает гены, которые присутствуют во всех векторах, а не гены, которые являются присутствующих, по меньшей мере, в двух векторах. Это означает:

intersect(intersect(intersect(intersect(a, b), c), d), e) 
## character(0) 

Если мы хотим, чтобы гены, которые, по крайней мере, двух векторов:

L <- list(a, b, c, d, e) 
u <- unlist(lapply(L, unique)) # or: Reduce(c, lapply(L, unique)) 

tab <- table(u) 
names(tab[tab > 1]) 
## [1] "geneA" "geneB" "geneC" "geneE" 

или

sort(unique(u[duplicated(u)])) 
## [1] "geneA" "geneB" "geneC" "geneE" 

Примечание: Мы использовали:

a <- c("geneA","geneB") 
b <- c("geneA","geneC") 
c <- c("geneD","geneE") 
d <- c("geneA","geneE") 
e <- c("geneB","geneC")