Не удалось сохранить результаты цикла

Question

У меня есть data.frame, который я пытаюсь проверить (с помощью WilcoxRankSum-Test) 1-й и 2-й строки, затем 3-й и 4-й строки и так далее. Поэтому я написал цикл. Поскольку я должен применить это к нескольким кадрам данных, я создал функцию для хранения этого цикла и позже применил его к другим. Я попытался сбросить скобки {} несколько раз или заменить pval[i] на sapply, как рекомендовано в нескольких других потоках.

По-моему, петли прекрасно работают. Но цикл не может получить доступ к pval. Извините, что беспокою вас об общей проблеме. Я недавно самоучка (все из нитей;)). Но я не могу найти проблему. Если вы видите ярлыки, чтобы облегчить жизнь, Я действительно был бы рад любым комментариям.

Вот мой код:

ZP <- function(data){ 
library(exactRankTests) 
pval <- vector(length=nrow(data)) 
k <- seq(1,nrow(data)-1, by=2) 
for (i in seq_along(k)) { 
pval[i] <- wilcox.exact(as.numeric(data[k[i],6:10]), 
          as.numeric(data[k[i]+1,6:10]), 
          alternative = "greater", conf.level=0.95)$p.value 
return(pval) 
} 
} 

Вот результат:

ZP(realdata) 
[1] 0.8492063 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 
[9] 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 
[17] 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 
[25] 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 

Я хочу, чтобы это выглядело, как это, так что я могу cbind его данным позже:

ZP(realdata) 
[1] "pval" "0" "pval" "0" "pval" "0" "pval" "0" "pval" "0" "pval" 
[12] "0" "pval" "0" "pval" "0" "pval" "0" "pval" "0" "pval" "0" 
[23] "pval" "0" "pval" "0" "pval" "0" "pval" "0" "pval" "0" 

Мои данные выглядят:

 Proband Lauf Interleukin Ansatz Zeitpunkt Data1 Data2 Data3 Data4 Data5 
1  1 1  IFNy stim  ZP0   7  2  3  3  7 
2  1 1  IFNy neg  ZP0   3  2  0  2  1 

Answer 1

Итак, я, наконец, получил свой цикл для работы. Как только я запустил функцию и применил ее к набору данных, вернет мои значения. Но когда R показывает мне pval, перед которым я установил '0', все равно 0. Я не могу получить доступ к pval вне функции. Вероятно, что-то основное, что мне не хватает.

P <- function(x){ 
    library(exactRankTests) 
    pval <- vector(length=nrow(x)) 
    k <- seq(1, nrow(x), by=2) 
    for (i in seq_along(k)) { 
    pval[k[i]] <- wilcox.exact(as.numeric(x[k[i],6:10]), 
           as.numeric(x[k[i]+1,6:10]), 
           alternative = "greater", conf.level=0.95)$p.value} 
    return(pval) 
} 

Answer 2

Вот стратегия с немного меньшим количеством кода:

library(exactRankTests) 
# sample data 
realdata <- data.frame(matrix(rnorm(1000),nrow=40)) 

# odd row indices 
x <- seq(1,nrow(realdata)-1,by=2) 

pvals <- vector(length=length(x)) # empty vector 
for(i in seq_along(x)) 
    pvals[i] <- wilcox.exact(as.numeric(realdata[x[i],]), 
          as.numeric(realdata[x[i]+1,]), 
          alternative="greater", 
          conf.level=0.95)$p.value 

Answer 3

Как насчет этой попытки (которые потенциально могли бы работать с каноническим wilcox.exact())?

# data <- iris[rep(1:50,each=2)+c(0,50),] # use some flowers for demonstration 
p.vals <- as.numeric(by(data[,1:4],rep(seq(50),each=2), function(rowpair) 
    wilcox.test(rowpair[,1], rowpair[,2], alt="greater")$p.val)) 

Btw: В случае, если вы заинтересованы только в p.val, указав conf.level=0.95 кажется необязательной.