Pixi.js работает с концепцией наличия нескольких контейнеров. Я бы посоветовал создать один рендер с несколькими контейнерами. Вы можете сделать это следующим образом:
var renderer = PIXI.autoDetectRenderer(400, 300, {antialias: false, transparent: false, resolution: 1, view: document.getElementById("renderer")});
var mainContainer = new PIXI.Container();
var container1 = new PIXI.Container();
var graphics = new PIXI.Graphics();
А затем добавьте контейнеры вам Mainstage:
mainContainer.addChild(container1);
mainContainer.addChild(container2);
Я сделал полную рабочую скрипку, которую можно найти здесь: https://jsfiddle.net/esa95wwp/