Как настроить консоль R для использования с RStudio?

Question

Я пытался настроить мой R используя conda (в конечном счете, для использования с Beaker Notebook), и я хочу, чтобы иметь возможность использовать RStudio с моей Конда установленной версии R.

Мой метод установки R:

conda install -c r r 
conda install -c r r-essentials 
conda install -c r r-rserve 
conda install -c r r-devtools 
conda install -c r r-rcurl 
conda install -c r r-RJSONIO 
conda install -c r r-jpeg 
conda install -c r r-png 
conda install -c r r-roxygen2 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger 

Я побежал эту версию R (я только установил эту версию)

> version 
       _       
platform  x86_64-apple-darwin11.0.0 
arch   x86_64      
os    darwin11.0.0     
system   x86_64, darwin11.0.0   
status          
major   3       
minor   3.1       
year   2016       
month   06       
day   21       
svn rev  70800      
language  R       
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21) 
nickname  Bug in Your Hair 

Бег R в Jupyter вроде багги. Например, когда он выводит ошибки, он выводит на stdout и разбивает каждый символ в строке с помощью строки. Я хочу использовать RStudio, но я не хочу устанавливать другую версию R.

Как я могу направить мою версию conda R в RStudio?

Вот мой .bash_profile не уверен, если это будет полезно:

$ cat ~/.bash_profile 
# added by Anaconda3 4.0.0 installer 
export PATH="/Users/jespinoz/anaconda/bin:$PATH" 

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

Я пытался следовать за эти учебники, но я теряюсь. Я действительно не очень хорошо знаком с переменными окружения и такими вещами.

(1) https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/207830688-Using-RStudio-with-conda

(2) Launch mac eclipse with environment variables set

, когда я посмотрел на мой R он направил меня:

$ which R 
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

но направления из (1) использует этот путь, который является весьма запутанным:

/Users/jespinoz/anaconda/lib/R/bin/R 

Я пробовал делать то, что сделал этот парень, и добавил это к моему .bash_profile, но это не сработало. Я даже сделал .bashrc, но она по-прежнему не работает (я sourced и после того, как я добавил строки)

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

К сожалению, anaconda не учебник для этого в https://docs.continuum.io/anaconda/ide_integration

Answer 1

Пока which R показывает рабочий интерпретатор R (который он должен делать, если вы установили пакет r от conda и активировали свою среду), тогда la unching rstudioиз этого же окружения должен забрать его просто отлично.

Для испытания на ArchLinux, я построил и установил: https://aur.archlinux.org/packages/rstudio-desktop-git/

..затем удалил интерпретатор R (pacman -Rdd r), затем установил r от conda (conda install -c r r), и он отлично работал. Затем я закрыл свой терминал и открыл новую (так что правильная conda среды не была активирована и успешно запущена RStudio с помощью следующей команды: RSTUDIO_WHICH_R=/home/ray/r_3_3_1-x64-3.5/bin/R rstudio

Я думаю, что суть заключается в запуске RStudio от правильной среды вашего? ~/.bash_profile и ~/.bashrc получены только при запуске bash. Для того чтобы переменные окружения были установлены так, чтобы ваша среда рабочего стола знала о них, в Linux вы должны поместить их в ~/.profile или в /etc/pam.d (вам может потребоваться выйти или завершить работу после создания эти изменения) и на OS X, вы должны проверить https://apple.stackexchange.com/q/57385

Answer 2

Обновление: ДОБАВИТЬ ЭТОТ НА ~/.bash_profile!

export RSTUDIO_WHICH_R="/Users/jespinoz/anaconda/bin/R" 
launchctl setenv RSTUDIO_WHICH_R $RSTUDIO_WHICH_R 

Кредиты @ Z-Shiyi для последней строки https://github.com/conda/conda/issues/3316#issuecomment-241246755

---

дополнение к тому, что было сказано выше @Ray Доннелли. В принципе, он должен быть выполнен из правильной среды (то есть запускать ее с терминала).

Вы можете:

(A) это в вашем ~/.bash_profile export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R (если Youre с помощью Конда, но вы можете поместить любой R путь)

(B), а затем введите в терминале после его получения (либо перезапустить терминал, либо сделать source .bash_profile): Это должно сработать.

или вы можете делать то, что я сделал:

(A) открыть Automator (извините, если вы не на макинтоше, это будет работать только на макинтош)

(B) использовать Run Shell Script

(C), а затем удалить cat, который уже там и поставить в: export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R open -a RStudio

(D) Сохраните его как что-то вроде run_rstudio.app затем просто запустить, что и он должен работать:

Answer 3

Update: Распределение Anaconda теперь имеет пакеты для RStudio, так что вы должны быть в состоянии использовать это и не нужно прыгать через любые обручи на всех. Вы также можете установить его непосредственно в Anaconda Navigator.

Answer 4

См https://anaconda.org/r/rstudio:

$ conda install -c r rstudio 

Затем из командной строки:

$ rstudio 

(это, как я установил его и он работает.)