R Кошмар: Yosemite, R, RStudio и Homebrew

Я использую MacBook Pro 13 «Retina (конец 2013 года) с OS X Yosemite 10.10.2. Я бы не хотел этого называть моего злейшего врага.R Кошмар: Yosemite, R, RStudio и Homebrew

Кошмар в хронологическом порядке:....

Скачано R и RStudio с официальных сайтов
Ран и приложения несколько раз, штраф
установлен Homebrew Ран "заварить врач" в терминал Brew врач сказал файлы R были проблематичными.
RStudio начал действовать странно.
Загружен ggplot2 R пакет через зеркало CRAN. 5 ГБ данных забивали файл «private/var». Удалены некоторые данные.
Mac freaked out. Ядро паники до тех пор, пока Apple Store Genius не стерла Mac и не переустановил OS X.

Я хочу продолжить использовать R и RStudio. Вопросы:

Как я могу обойти это без раздувания Mac?
Как установить R и RStudio через Homebrew?
Нужно ли сначала установить XQuartz?
Что произойдет, если я установлю R и RStudio без вскрытия?
Какие конфликты между R, RStudio и Homebrew следует признать?
Обычные причуды, связанные с установкой всех Homebrew, R и RStudio?
Как я могу сделать Homebrew, R и RStudio жить долго и счастливо, не сжигая дома?

Спасибо!

источник

2015-03-12 Elan

Возможно, у вас в одной точке были две установки R. «Официальная» версия и вторая версия для варки. Сопровождающий Mac fork R предлагает не использовать какие-либо из fink, Macports или homebrew, потому что их места по умолчанию для программ отличаются от того, что предполагается в биржевой версии R, которая распространяется в двоичной форме. Есть люди, которые используют варево, но они знают больше, чем я или вы о том, как управляются взаимозависимости в Unix. –

Зачем получить официальный R для OS X от CRAN, получить официальный Rstudio, а затем и доморощенный? Тебе лучше с официальными вещами или исключительно с домашними вещами. В последнем случае вы сами. Вы можете получить все необходимые компиляторы из Apple и fortran из [http://r.research.att.com/libs/](http://r.research.att.com/libs/), если вам нужно скомпилировать при создании R, потому что они были использованы для генерации R. Все «вещи» из CRAN и любые дополнительные инструменты всегда работали с OS X 10.6.x до OS X Yosemite. – Bhas

У меня есть 3 системы OS X. Все 10.10.2. Все, используя последний RStudio (Preview), R 3.1.2 (официальный CRAN-бинарный) и современный доморощенный. Нет проблем. – hrbrmstr

Как я могу обойти это без раздувания Mac?

Не пытайтесь удалить свой файл подкачки во время работы компьютера! Если вы начнете удалять случайные системные файлы, у вас будет плохой день.

Как установить R и RStudio через Homebrew?

Вы можете установить R с помощью brew install r. Вы можете установить двоичный RStudio с помощью homebrew-cask, например brew install Caskroom/cask/rstudio.

Нужно ли сначала установить XQuartz?

Нет, это больше не нужно.

Что произойдет, если я установлю R и RStudio без вскрытия?

Ничего плохого; brew doctor может сообщать о результатах, но это не ошибки, и вы не должны предполагать, что они представляют проблемы, хотя они полезны для таких поддерживающих меня людей, если вы обратитесь за помощью, чтобы попытаться диагностировать сбои сборки позже.

Какие конфликты между R, RStudio и Homebrew следует признать?

Не существует важных конфликтов. Если вы устанавливаете компиляторы с http://r.research.att.com/libs/, которые не нужны, если вы используете завариваемый R, у вас может возникнуть проблема с установкой таких вещей, как gcc (который предоставляет gfortran) из Homebrew.

Общепринятые причуды, связанные с установкой всех Homebrew, R и RStudio?

По состоянию на август 2015 года комментарии более не нужны; пакеты теперь установлены в/usr/local/lib/R/x.y/сайт-библиотека по умолчанию и должны пережить незначительные обновления R.

Если вы используете завариваемый R, и вы хотите, чтобы ваши установленные пакеты выдержали незначительные обновления R, вы можете запустить mkdir -p ~/Library/R/3.2/library, а затем R установит пакеты по этому пути по умолчанию (размещение пакетов в вашем домашнем каталоге, а не в погреб).

Как я могу сделать Homebrew, R и RStudio жить долго и счастливо, не сжигая дома?

См. Выше!

источник

2015-03-14 03:37:30

Спасибо, Тим, отличные советы! Установлен R и RStudio через Homebrew. – Elan

@TimSmith, учитывая все пакеты теперь переходите к '/ usr/local/lib/R/xy/site-library', что с ними происходит и что мне нужно делать, когда' R' обновляется до более крупной версии (например, от 'xy' до' xz')?Рекомендуется ли или лучше указать общий путь, на который завариваются пакеты «R», независимо от версии «x.y», чтобы более поздняя версия завариваемого «R» могла продолжать использовать пакеты? – skyork

Поскольку R имеет концепцию версий пакетов, я предполагаю, что R не обещает, что пакеты с скомпилированным C-кодом совместимы с двоичными файлами в младших версиях релиза, поэтому я считаю, что использование каталога неверсированного пакета может привести к сбоям после обновлений R. (Это относится, например, к Python.) Я не совсем уверен в этом; если вы можете найти какую-либо документацию о обещаниях R о совместимости пакетов с обновлениями, мне было бы интересно! –

Оглядываясь на этот вопрос, учитывая все полезные комментарии и ответы, о загрузке R пакетов на Mac с R и Homebrew уже установлены:

сделать это в R консоли в интерфейсе RStudio, просто введя install.packages("name of the package")

С тех пор как я начал загружать пакеты R непосредственно в RStudio, у меня не было никаких проблем. Система очень счастлива.

источник

2016-03-13 23:25:42 Elan

R Кошмар: Yosemite, R, RStudio и Homebrew

ответ

Смежные вопросы