burrows-wheeler-transform

1зной

1ответ

Обратный BWT без знания последнего символа

Обычно в алгоритме преобразования Burrows-Wheeler для символа конца строки используется символ $, но во многих случаях этот $ опущен. Мне было интересно, как это можно изменить, не зная положения посл

3зной

1ответ

быстрый алгоритм перехода в переднее преобразование

Я пытаюсь найти самый быстрый алгоритм для перехода к преобразованию фронта. Тот, который используется, например, в сочетании с преобразованием колес норы. Лучшее, что я до сих пор делал, составляет о

-1зной

1ответ

Изменение и добавление к списку в Haskell

Я реализую преобразование Burrows-Wheeler в Haskell. Комбинация всех циклических строк генерируется и сохраняется в матрице в качестве первого шага преобразования. Я использую Haskell List для построе

0зной

5ответ

Преобразование стволов-Wheeler (BWT) - Сохраненные данные

После использования BWT, какой набор данных нам нужен в закодированных данных? Нужно ли нам кодировать (или экспортировать) Суффикс-массив? Вход: stackoverflow BWT Выход: wtavrcfkle$soo Суффикс Массив

0зной

2ответ

Анализ строки перед преобразованием Burrows-Wheeler?

Если мы рассмотрим этот aaabccba в качестве нашей входной строки, то baaacacb будет выходной строкой после применения преобразования Burrows-Wheeler на входе. наблюдая за выводом, вы увидите, что два

0зной

1ответ

Обратное преобразование Burrows-Wheeler

Я реализовал форвардное преобразование преобразования Burrows-Wheeler (BWT). Теперь проблема в том, что я не могу получить обратное. Рассмотрим р: p = [3 2 5 3 1 4 2 6] Форвард BWT: fbwt = [3 3 4 5

2зной

1ответ

Быстрая реализация BWT в Lua

local function fShallowCopy(tData) local tOutput = {} for k,v in ipairs(tData) do tOutput[k] = v end return tOutput end local function fLexTblSort(tA,tB) --sorter for tabl

0зной

1ответ

Инструмент BWA с потоком хаопов

Burrows-Wheeler Aligner (BWA) - биоинформационный инструмент (алгоритм) для отображения коротких нуклеотидных последовательностей в контрольный геном. Я попытался запустить BWA, используя Hadoop Strea

0зной

1ответ

Какой алгоритм наиболее подходит для преобразования Берроуза-Уилера?

Кажется, что многие компрессоры, реализующие BWT, используют его в сочетании с арифметическим кодированием или кодированием Хаффмана. (Не стесняйтесь назначать больше, особенно если они лучше.) Мой пе

2зной

5ответ

Идиоматическое вращение струны в Clojure

Как идиоматически поворачивать строку в Clojure для Burrows-Wheeler transform? Я придумал это, который использует (cycle "string"), но чувствует себя немного императив: (let [s (str "^" "banana" "|")