Отладка в plyr или dplyr - просмотр группы

Когда я использую plyr и dplyr для анализа большого набора данных, который сгруппирован по id, я иногда получаю ошибку в своей функции. Я могу использовать browser() или debugger() для изучения того, что происходит, но одна проблема заключается в том, что я не знаю, связана ли проблема с первым id или 100-м. Я могу использовать отладчик, чтобы я мог остановиться на ошибке, но есть ли простой способ увидеть, какой идентификатор вызвал проблему, помимо включения идентификатора в качестве функции ввода с единственной целью отладки? Я проиллюстрирую приведенный ниже пример.Отладка в plyr или dplyr - просмотр группы

meanerr = function(y) { 
    m = mean(y) 
    stopifnot(!is.na(m)) 
    return(m) 
} 

d = data.frame(id=c(1,1,1,1,2,2),y=c(1,2,3,4,5,NA)) 
dsumm = ddply(d,"id",summarise,mean=meanerr(y))

Конечно, это вызывает ошибку ниже, и когда я погружаюсь в свалку, я просто к подсказке, где искать (см ниже)

> options(error=dump.frames) 
> source('~/svn/pgm/test_debug_ddply.R') 
Error: !is.na(m) is not TRUE 
> debugger() 
Message: Error: !is.na(m) is not TRUE 
Available environments had calls: 
1: source("~/svn/pgm/test_debug_ddply.R") 
2: withVisible(eval(ei, envir)) 
3: eval(ei, envir) 
4: eval(expr, envir, enclos) 
5: test_debug_ddply.R#9: ddply(d, "id", summarise, mean = meanerr(y)) 
6: ldply(.data = pieces, .fun = .fun, ..., .progress = .progress, .inform = .inform, .parallel = . 
7: llply(.data = .data, .fun = .fun, ..., .progress = .progress, .inform = .inform, .parallel = .p 
8: loop_apply(n, do.ply) 
9: (function (i) 
{ 
    piece <- pieces[[i]] 
    if (.inform) { 
     res <- try(.fun(piece, ...)) 

10: .fun(piece, ...) 
11: eval(cols[[col]], .data, parent.frame()) 
12: eval(expr, envir, enclos) 
13: meanerr(y) 
14: test_debug_ddply.R#3: stopifnot(!is.na(m)) 
15: stop(sprintf(ngettext(length(r), "%s is not TRUE", "%s are not all TRUE"), ch), call. = FALSE,

Во всяком случае, может быть только в том числе идентификатора работы в качестве вход каждый раз для легкой отладки - это просто путь, но мне было интересно, есть ли что-то более элегантное, что используют профессионалы, не требуя прохождения дополнительных переменных.

Энди

источник

2016-01-13 Andy Stein

Я бегу в это все время с group_by() я имел неприятности dplyr, используя мой обычный options(error=recover).

Я обнаружил, что упаковка функцию, вызвавшую в tryCatch() делает трюк:

> dsumm = ddply(d,"id",summarise,mean=tryCatch(meanerr(y),error=function(e){"error"})) 
> dsumm 
    id mean 
1 1 2.5 
2 2 error

источник

2016-01-19 20:00:28 avoorman

Отладка в plyr или dplyr - просмотр группы

ответ

Смежные вопросы